Высокопроизводительные вычисления на кластерах. Беликов Д.А - 20 стр.

UptoLike

20
Например,
mpirun -np 20 ./first.exe
запустит параллельную программу first.exe на 20 процессорах, т.е.
на 5 узлах (каждый узел имеет 2 двухъядерных процессора). Стоит
обратить внимание, что для запуска исполняемого модуля, находя-
щегося в текущей директории ($pwd), необходимо явно указать
путь «./»
1.7 Работа с системой пакетной обработки задач
На вычислительном кластере установлена система пакетной об-
работки заданий torque. Данная система предназначена для контро-
ля вычислительных ресурсов и выделения их под задачи пользова-
теля.
Скрипт mpirun помещает задачу в очередь, но при таком подхо-
де на каждом узле будет использоваться максимальное количество
процессоров/ядер, т.е. задача будет запущена 4 раза на каждом вы-
числительном узле. В некоторых случаях, например при использо-
вании OpenMP, MPI+OpenMP или для запуска последовательных
программ, целесообразно использовать систему пакетной обработки
заданий.
1.7.1 Основные команды
qstat утилита для просмотра состояния очереди заданий. По
команде «qstat -f» на экране выводится полный список задач поль-
зователя с параметрами.
qsub утилита для установки задачи в очередь на выполнение.
По данной команде в очередь на выполнение будет поставлен сце-
нарий оболочки, из которого происходит запуск самой вычисли-
тельной задачи. При постановке задачи на выполнение пользователь
указывает требуемое количество ресурсов, а также дополнительные
параметры, такие, как рабочая директория, имена файлов вывода
стандартных потоков stdout и stderr, имена переменных для пере-
дачи в качестве системного окружения задачи и т.д. Полное описа-
ние ресурсов задачи можно получить по команде man
pbs_resources, а описание атрибутов задачи по команде man
pbs_job_attributes.