Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 16 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

16
Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки аминокислот, выберите в
меню Databases (Базы данных) пункт Amino Acids (Аминокислоты ).
Откроется следующее меню :
Рис.13. Меню библиотеки аминокислот.
Последовательно выбирая остатки, строим вторичную структуру
полипептида. Для этого в диалоговом окне отмечаем, что должна представлять
из себя структура: Alpha helix (Альфа-спираль), Beta sheet (Бета- структура)
или другие варианты . Автоматически устанавливаются углы Phi и Psi. Угол
Omega можно изменить , но обычно он равен 180º для транс-пептидной связи.
Начинайте построение с N-конца полипептидной цепи.
Рис.14. Полипептидная цепь.
Для построения цепи последовательно выбирайте аминокислоты ,
начиная с N-концевого остатка и заканчивая C-концевым остатком .
HyperChem строит цепь, располагая аминокислоты под соответствующими
углами относительно друг друга.
Рассмотрим создание цвиттер- иона. В построенной полипептидной цепи
Beta sheet, 180
0
, Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg (Рис.14) N-конец 
                                      16
      Чтобы откры ть диал оговое меню библ иотеки аминокисл от, вы берите в
меню Databases (Базы данны х) пункт Amino Acids (Аминокисл оты ).
О ткроется сл едую щ ее меню :




                      Рис.13. Меню библ иотеки аминокисл от.
      П осл едовател ьно вы бирая остатки, строим вторичную структуру
пол ипептида. Д л я этогов диал оговом окне отмечаем, чтодол ж напредставл я ть
из себя структура: Alpha helix (Ал ьф а-спирал ь), Beta sheet (Бета-структура)
ил и другие варианты . Автоматически устанавл иваю тся угл ы Phi и Psi. У гол
Omega мож ноизменить, нообы чноон равен 180º дл я транс-пептидной свя зи.
Н ачинайте построение сN-концапол ипептидной цепи.




                           Рис.14. П ол ипептидная цепь.
      Д л я построения цепи посл едовател ьно вы бирайте аминокисл оты ,
начиная с N-концевого остатка и заканчивая C-концевы м остатком.
HyperChem строит цепь, распол агая аминокисл оты под соответствую щ ими
угл ами относител ьнодруг друга.
      Рассмотрим создание цвиттер-иона. В построенной пол ипептидной цепи
Beta sheet, 1800, Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg (Рис.14) N-конец

Страницы