Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 19 стр.

                                         19
               3. И ЗМ Е РЕ НИ Е П А РА М Е ТРО В СТРУ К ТУ Р
     В этой гл аве описы вается техникаизмерения структурны х свя зей. Д ается
описание способов измерения угл ов, а такж е настроек отображ ения
характеристикобъектов нарабочей обл асти HyperChem.

                        3.1. Х арактери сти ки атомов
       Д л я того чтобы пол учить инф ормацию об основны х характеристиках
атома, его нуж но вы дел ить. В обл асти сообщ ений будут показаны : номер
атома, еготип и заря д дл я вы бранногосил овогопол я мол екул я рной механики.
Т акж е отображ аю тся x, y и z-координаты атома.
       П ункты меню Build (С троить) позвол я ю т установить необходимы й тип
атома (Set Atom Type), массу (Set Mass), заря д (Set Charge), подпись (Set
Custom Label) и ограниченную геометрию (Constrain Geometry), отл ичны е от
тех, которы е устанавл иваю тся программой поумол чанию .

                    3.2. И змерени е дли нсвязей и углов
       П ри вы дел ении свя зи инф ормация о ней поя вл я ется в строке
сообщ ений. П ри этом в меню Build становится активны м пункт Constrain
bond length, которы й позвол я етустановить ж ел аемую дл инусвя зи.
       П ри вы дел ении двух атомов в строке сообщ ений отображ ается
расстоя ние меж дуними в ангстремах (Å).
       HyperChem имеет библ иотеку дл ин свя зей меж ду атомами конкретного
типа и гибридизации, что устанавл ивается по умол чанию . Э та инф ормация
испол ьзуется при построении модел ей, применя я Build/Add H & Model Build.
Е сл и инф ормация о дл ине свя зи в библ иотеке отсутствует, то HyperChem
испол ьзуетсреднее значение ковал ентны храдиусов двух атомов.
       Д л я тогочтобы измерить угол меж дудвумя свя зя ми, нуж ноих вы дел ить
ил и посл едовател ьновы дел ить первы й, второй и третий атомы , свя зи меж ду
которы ми и образую т угол . П ри этом второй атом дол ж ен находиться в
верш ине этогоугл а. В ел ичинаугл апоя вится в строке сообщ ений.
       П ри этом в меню Build становится активны м пункт Constrain Bond
Angle, чтопозвол я етизменя ть вел ичинуданногоугл а.
       Д л я измерения торсионного (двугранного) угл а посл едовател ьно
вы дел ите четы ре атома. В строке сообщ ений поя вится вел ичина торсионного
угл а меж ду двумя пл оскостя ми, одну из которы х образую т первы е три атома,
другую – второй, третий и четверты й.

                           3.2. В одородные связи
     В одородны е свя зи ф ормирую тся , есл и расстоя ние до водородного
донора менее чем 3.2 Å и угол меж ду ковал ентны ми свя зя ми донора и
акцептораменее 120 градусов.