Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 3 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

3
Содержание
Введение ..........................................................................................................4
1. ПЕРВЫЕ ШАГИ В HYPERCHEM.............................................................5
1.1. Главное окно HyperChem......................................................................5
1.2. Использование мыши в HyperChem.....................................................6
1.3. Клавиатурные альтернативы и кратчайшие пути................................6
1.4. Открытие файла и установки отображения структур .........................8
2. ПОСТРОЕНИЕ И РЕДАКТИРОВАНИЕ ОБЪЕКТОВ............................11
2.1. Создание отдельных атомов и связей между ними...........................11
2.2. Выделение атомов и групп атомов .....................................................13
2.3. Удаление атомов .................................................................................15
2.4. Использование буфера........................................................................15
2.5. Очистка рабочей области....................................................................15
2.6. Создание полипептидов ......................................................................15
3. ИЗМЕРЕНИЕ ПАРАМЕТРОВ СТРУКТУР.............................................19
3.1. Характеристики атомов ......................................................................19
3.2. Измерение длин связей и углов ..........................................................19
3.2. Водородные связи...............................................................................19
4. РАСЧЕТЫ В HYPERCHEM.....................................................................20
4.1. Меню Setup (Настройки)....................................................................20
4.1.1. Методы молекулярной механики.................................................22
4.1.1.1. Настройки метода MM+.........................................................23
4.1.1.2. Настройки AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS....................24
4.1.2. Полуэмпирические методы ..........................................................25
4.1.2.1. Настройки расширенного метода Хюккеля..........................28
4.1.2.2. Настройки других полуэмпирических методов ....................29
4.1.3. Расчеты в смешанном режиме (QM/MM)....................................34
4.1.4. Неэмпирические методы (ab initio)..............................................34
4.1.4.1. Выбор базисного набора ........................................................35
4.1.4.2. Настройки ab initio..................................................................35
4.2. Меню Compute (Вычисления )............................................................39
4.2.1. Полная энергия и среднеквадратический градиент....................41
4.2.2. Оптимизация геометрии...............................................................41
Литература .....................................................................................................42 
                                                             3
                                                    С одерж ание

В ведение.......................................................................................................... 4
1. П Е РВ Ы Е Ш АГ И В HYPERCHEM ............................................................. 5
  1.1. Г л авное окноHyperChem...................................................................... 5
  1.2. И спол ьзование мы ш и в HyperChem..................................................... 6
  1.3. Кл авиатурны е ал ьтернативы и кратчай ш ие пути................................ 6
  1.4. О ткры тие ф айл аи установки отображ ения структур......................... 8
2. П О С Т РО Е Н И Е И РЕ Д АК Т И РО В АН И Е О БЪ Е КТ О В ............................ 11
  2.1. С оздание отдел ьны х атомов и свя зей меж дуними........................... 11
  2.2. В ы дел ение атомов и групп атомов..................................................... 13
  2.3. У дал ение атомов................................................................................. 15
  2.4. И спол ьзование буф ера........................................................................ 15
  2.5. О чисткарабочей обл асти.................................................................... 15
  2.6. С оздание пол ипептидов...................................................................... 15
3. И ЗМЕ РЕ Н И Е П АРАМЕ Т РО В С Т РУ КТ У Р ............................................. 19
  3.1. Характеристики атомов...................................................................... 19
  3.2. И змерение дл ин свя зей и угл ов.......................................................... 19
  3.2. В одородны е свя зи............................................................................... 19
4. РАС ЧЕ Т Ы В HYPERCHEM ..................................................................... 20
  4.1. Меню Setup (Н астройки) .................................................................... 20
     4.1.1. Методы мол екул я рной механики................................................. 22
       4.1.1.1. Н астрой ки методаMM+......................................................... 23
       4.1.1.2. Н астрой ки AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS .................... 24
     4.1.2. П ол уэмпирические методы .......................................................... 25
       4.1.2.1. Н астрой ки расш иренногометодаХю ккел я .......................... 28
       4.1.2.2. Н астрой ки другихпол уэмпирических методов.................... 29
     4.1.3. Расчеты в смеш анном реж име (QM/MM).................................... 34
     4.1.4. Н еэмпирические методы (ab initio).............................................. 34
       4.1.4.1. В ы бор базисногонабора........................................................ 35
       4.1.4.2. Н астрой ки ab initio.................................................................. 35
  4.2. Меню Compute (В ы числ ения ) ............................................................ 39
     4.2.1. П ол ная энергия и среднеквадратический градиент.................... 41
     4.2.2. О птимизация геометрии............................................................... 41
Л итература..................................................................................................... 42

Страницы