Компьютерное моделирование. Клюев С.А. - 50 стр.

                                         седловая точка).



Подобного рода методы позволяют описывать конформеры сложных биологических молекул

и сопоставлять результаты моделирования с экспериментальными данными ядерно-

магнитного     резонанса.   Конформерам     на     энергетических      диаграммах    соответствуют

минимумы. Переходы между конформерами не сопровождаются разрывом и образованием

ковалентных связей. Рассмотрим пару конформеров дипептида карнозина (их значительно

больше). В одном случае карбоксилатная группа находится между аммонийной группой и

гетероциклом     (a),   а   в   другом   случае        указанная   группа   атомов   направлена   в

противоположенную сторону (b). В данном случае используются шаро-стержневые

графические модели (рис. 3).




Рис. 3. Конформеры карнозина (карбоксилатная группа находится между аммонийной группой

 и гетероциклом (a), указанная группа атомов направлена в противоположенную сторону (b)).

При близком расположении аммонийной (положительно заряженная) и карбоксилатной

(отрицательно заряженная) групп, помимо электростатического взаимодействия между ними,

возможно и образование водородной связи ( -N+H3 … -OOC-), что показано на рис. 4 (атом –

сфера с радиусом Ван-дер-Ваальса; перекрывание сфер – H-связь). В результате вращения

                                                  50