Компьютерное моделирование. Клюев С.А. - 48 стр.

учетом конкретного окружения) и для пар атомов: таким образом, они являются либо

фиксированными числами, либо зависят от расстояния между атомами. Полуэмпирические

методы намного быстрее, чем неэмпирические. Они применимы к большим (часто к очень

большим, например - биологическим) системам и для некоторых классов соединений дают

очень точные результаты. Однако это достигается за счет специально подобранных

параметров, справедливых лишь в пределах узкого класса соединений. При переносе на

другие классы, те же методы могут дать абсолютно неверные результаты. Кроме того,

параметры расчета часто подбираются таким образом, чтобы воспроизводить те или иные

молекулярные свойства, поэтому придавать физический смысл отдельным параметрам не

следует. Во многих пакетах программ, используемых для моделирования молекул, широко

применяют Z-матрицы. Z-матрица включает в себя символы химических элементов (a) и такие

параметры молекулярной системы, как расстояние между атомами (b), величины валентных

(d) и двугранных углов (e). В матрице указывается последовательность соединения атомов

тремя числами (f) и возможность оптимизации (c) того или иного параметра (1-параметр

оптимизируется, 0 – отсутствие оптимизации). Пример Z-матрицы биполярного иона глицина:




                                          48