Компьютерное моделирование. Клюев С.А. - 58 стр.

  Потенциальная энергия для торсионных углов, плоских групп и псевдоторсионных углов

задается общим выражением, представляющим собой ряд Фурье. Было установлено, что во

всех случаях достаточно оставлять не более четырёх членов ряда (включая нулевой).

  Потенциальная      энергия     взаимодействия          заряженных         атомов    характеризуется

электростатическим потенциалом.

Взаимодействие между атомами, не связанными валентной связью, описывается с помощью

потенциала Леннарда-Джонса (6 – 12), о котором упоминалось ранее, или потенциала для

водородной связи

  Из статистической физики известно, что кинетическая энергия системы (E) и ее

температура (T ) связаны следующим соотношением:

     E = 3 kБT/2                                                              (16);

kБ – постоянная Больцмана.

  Часто,    для     того     чтобы     ускорить        сканирование     репрезентативной       точкой

конфигурационного      пространства,     расчёты       проводятся     при     относительно   высоких

температурах.

 В реальных экспериментах интересующие нас молекулы обычно находятся в растворах и

активно взаимодействуют с молекулами растворителя. Температура системы поддерживается

за счёт энергообмена с внешней средой. Детальный учёт взаимодействия молекулы с внешней

средой часто невозможен. Для учёта эффектов энергообмена с внешней средой используются

специальные алгоритмы – термостаты.

  Использование термостата особенно важно на этапе релаксации системы. В случае

установившегося термодинамического равновесия температура термостата и средняя

температура молекулярной системы должны совпадать. Энергии подсистем обычно много

меньше энергии термостата, это является условием практического равновесия. При изучении

молекулярной      динамики    обычно    фиксируют         температуру       термостата.   Температура
                                                  58