ВУЗ:
Составители:
Рубрика:
49
используются некоторые параметры, полученные в эксперименте.
Экспериментальные параметры устраняют необходимость расчетов ряда
величин и корректируют ошибочные результаты приближений. Необходимо
помнить, что полуэмпирические методы в программе HyperChem могут
обрабатывать не все элементы таблицы Менделеева, а только те, параметры
которых внесены в файлы параметров.
Большинство доступных в программе HyperChem полуэмпирических
методов включает схему устранения вычислений, которые происходят со
значительными затратами процессорного времени, в основном это расчет
ряда интегралов перекрывания, а метод INDO (Intermediate Neglecting of
Differential Overlap) не вычисляет и интегралы отталкивания, которые
должны иметь небольшие величины.
HyperChem также позволяет вам рассчитывать электронную структуру
только части системы, используя смешанные методы вычисления. Например,
можно изучить электронную структуру активного центра белка с
использованием полуэмпирических методов расчета, учитывая оставшуюся
часть белка и молекул растворителя в рамках метода молекулярной
механики. Для этого перед тем, как начинать расчет, выделите нужную часть
системы с использованием инструментария меню Select, а затем введите
соответствующие параметры меню Setup и Compute. Необходимо
подчеркнуть, что такие расчеты возможно проводить только в том случае,
если выделенная часть системы не соединена формальными химическими
связями с остальной частью молекулярной системы. (Например, построив
модель белка, можно удалить соответствующие химические связи активного
центра, электронную структуру которого мы должны исследовать, а затем
выделить активный центр с использованием различных способов меню
Select). Например, выбрать параметр Molecules и выделить активный центр
одним L-нажатием, либо выделить в нужной части один атом, а затем
выбрать пункт Extend to sp3 в меню Select, при этом будет выделена вся
молекулярная система, в которую входит выбранный атом. В этом случае
программа HyperChem квантово-химически рассчитывает только
выделенную часть атомов, а остальные рассматривает только как некий
потенциал. В процессе оптимизации геометрии координаты не выделенной
части атомов являются фиксированными и не изменяются в ходе проведения
расчетов.
Расширенный метод Хюккеля (Extended Huckel) (РМХ) предназначен для
вычислений молекулярных орбиталей и не позволяет оптимизировать
геометрию и проводить молекулярно-динамические расчеты. В нем
используется приближение невзаимодействующих электронов и в нем не
используется приближение самосогласованного поля (SCF)
Метод CNDO (Complete Neglect of Differential Overlap, полное
пренебрежение дифференциальным перекрыванием) является простейшим
методом SCF. Он используется для расчетов основного состояния
электронных характеристик систем с открытой и закрытой оболочками,
оптимизации геометрии и полной энергии.
используются некоторые параметры, полученные в эксперименте. Экспериментальные параметры устраняют необходимость расчетов ряда величин и корректируют ошибочные результаты приближений. Необходимо помнить, что полуэмпирические методы в программе HyperChem могут обрабатывать не все элементы таблицы Менделеева, а только те, параметры которых внесены в файлы параметров. Большинство доступных в программе HyperChem полуэмпирических методов включает схему устранения вычислений, которые происходят со значительными затратами процессорного времени, в основном это расчет ряда интегралов перекрывания, а метод INDO (Intermediate Neglecting of Differential Overlap) не вычисляет и интегралы отталкивания, которые должны иметь небольшие величины. HyperChem также позволяет вам рассчитывать электронную структуру только части системы, используя смешанные методы вычисления. Например, можно изучить электронную структуру активного центра белка с использованием полуэмпирических методов расчета, учитывая оставшуюся часть белка и молекул растворителя в рамках метода молекулярной механики. Для этого перед тем, как начинать расчет, выделите нужную часть системы с использованием инструментария меню Select, а затем введите соответствующие параметры меню Setup и Compute. Необходимо подчеркнуть, что такие расчеты возможно проводить только в том случае, если выделенная часть системы не соединена формальными химическими связями с остальной частью молекулярной системы. (Например, построив модель белка, можно удалить соответствующие химические связи активного центра, электронную структуру которого мы должны исследовать, а затем выделить активный центр с использованием различных способов меню Select). Например, выбрать параметр Molecules и выделить активный центр одним L-нажатием, либо выделить в нужной части один атом, а затем выбрать пункт Extend to sp3 в меню Select, при этом будет выделена вся молекулярная система, в которую входит выбранный атом. В этом случае программа HyperChem квантово-химически рассчитывает только выделенную часть атомов, а остальные рассматривает только как некий потенциал. В процессе оптимизации геометрии координаты не выделенной части атомов являются фиксированными и не изменяются в ходе проведения расчетов. Расширенный метод Хюккеля (Extended Huckel) (РМХ) предназначен для вычислений молекулярных орбиталей и не позволяет оптимизировать геометрию и проводить молекулярно-динамические расчеты. В нем используется приближение невзаимодействующих электронов и в нем не используется приближение самосогласованного поля (SCF) Метод CNDO (Complete Neglect of Differential Overlap, полное пренебрежение дифференциальным перекрыванием) является простейшим методом SCF. Он используется для расчетов основного состояния электронных характеристик систем с открытой и закрытой оболочками, оптимизации геометрии и полной энергии. 49
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 47
- 48
- 49
- 50
- 51
- …
- следующая ›
- последняя »