Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 43 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

41
The Gene Ontology (http://www.geneontology.org/) - иерархический
курируемый словарь, описывающий «продукты экспрессии генов в
терминах их ассоциаций с биологическими процессами, клеточными
компонентами и молекулярными функциями без учета
видоспецифичности». Этот инструмент поиска может быть полезен при
изучении компонентов различных путей.
KEGG (http://www.genome.jp/dbget-
bin/show_pathway?hsa04010+5894) – сайт предназначен для представления
и визуализации различных метаболических, сигнальных и иных путей.
Сайт содержит ссылки на аннотации и описания на все белки, вовлеченные
в метаболические пути и сети, а также перекрестные ссылки на пути,
содержащие общие белки и ссылки на белки в других базах данных.
Entrez Gene
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=gene) – база
данных, содержащая информацию о белках и генах. Она также имеет
ссылки на оригинальные статьи, имеющие отношение к имеющимся
записям о последовательностях. В Entrez Gene хранится информация о
синонимах для всех имеющихся в ней белках – это помогает составлять
более точные и полные запросы к базе.
PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=pubmed) –
главный портал для доступа к базам данных Medline. Эта база данных
содержит цитаты на статьи в рецензируемых журналах (статьи,
публикуемые в журналах с расширенным рецензированием). Цитаты,
хранящиеся в PubMed, имеют полную библиографическую информацию и
аннотации для большинства научных статей.
Web of Knowledge (http://portal.isiknowledge.com/?DestApp=WOS) –
поисковая машина для медико-биологических текстов и статей. Она
находится в собственности и может быть доступна только из
университетских сетей или по подписке.
EBIMed (http://www.ebi.ac.uk/Rebholz-srv/ebimed/index.jsp) –
поисковая машина, которая представляет результаты поиска в виде
таблицы корреляций, терминов и гиперссылок, встречающихся в статьях.
Мы будем использовать ее для проверок связей, описанных в путях. Эта
поисковая машина имеет в своем составе элементы ТМ, такие, как
распознавание именованных сущностей с использованием лексикона.
ChiliBot (http://www.chilibot.net/) – еще одна поисковая машина,
которая несет в себе элементы ТМ. Это позволяет пользователям
проводить поиск по нескольким ключевым словам и затем выводить
результаты по каждому из них или по всем сразу и строить сети
одновременного появления этих ключевых слов в предложениях – сети
взаимодействия и взаимосвязей терминов.

Страницы