Составители:
Рубрика:
42
GATE (http://gate.ac.uk/) – мощное средство ТМ, которое позволяет
вам использовать предварительно заготовленные компоненты (такие, как
блоки) для построения вашей собственной ТМ машины. GATE была
разработана для работы с текстами общего назначения. Инструмент
недостаточно пригоден для поиска по биологическим текстам, так как для
их обработки требуются дополнительные компоненты. В этих случаях
нужно использовать инструмент Annotation Diff для оценки работы on-line
версии программы на выборке из аннотированной вручную базы GENIA.
Lingpipe (http://alias-i.com/lingpipe/web/demos.html) – онлайн
демоверсия TM Java библиотеки, которая располагает компонентами,
обученными на биологических текстах. Однако в ней отсутствуют
хороший интерфейс пользователя и некоторые другие средства и
инструменты для оценки.
Сигнальный путь RKIP, показанный на рисунке 3, очень хорошо
описан в статье Cho et al (2003)
1
. Понимание механизмов, заложенных в
этом сигнальном пути исключительно важно при изучении рака.
Исследователи проводят десятки экспериментов на клетках, в которых
имеется RKIP, удаляя или блокируя части пути, стимулируя рецепторы-
белки, которые инициализируют каскады реакций или добавляя различные
соединения (лекарства). Структура и функция RKIP понемногу стали
проявляться благодаря многочисленным экспериментам. Путь RKIP
состоит из части MAPK-пути, который содержит белок Raf-1,
взаимодействующий с ингибитором Raf-киназой (RKIP).
Представлены белки Raf-1, RKIP, ERK-PP и другие, образующие этот
путь. Raf-1/RKIP представляют их взаимодействие, тогда как «PP»,
находящийся после MEK или ERK (MEK-PP и ERK-PP соответственно)
обозначает активированную форму белка. Это, в свою очередь, означает,
что ERK-PP не идентичен ERK, однако не существует стандартной формы
записи этих названий, и поэтому многие ученые употребляют в написании
pERK или ERKPP.
Как было сказано выше, в первой части лабораторной работы мы
будем использовать онлайн-ресурсы для ознакомления с различными
аспектами этого сигнального пути и для более полного понимания тех
трудностей, с которыми сталкиваются биологи при попытке получения
более специфичной биологической информации при помощи стандартных
инструментов.
1
Cho, K.-H., et al., Mathematical Modeling of the Influence of RKIP on the ERK Signaling
Pathway, in Proceedings of the First International Workshop on Computational Methods
in Systems Biology. 2003, Springer-Verlag. p. 127-141.
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 42
- 43
- 44
- 45
- 46
- …
- следующая ›
- последняя »
