Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 46 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

44
в) Более подробный поиск данных об этом белке можно провести на
сайте The Gene Ontology (работа с ним иногда занимает много
времени) http://www.geneontology.org/.
2. Изучение сигнального пути
Используйте базы данных PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=pubmed или
Web of Knowledge
http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame для
поиска информации о RKIP пути. Попробуйте провести такой поиск с
использованием различных ключевых слов, которые, по вашему мнению,
могут помочь вам получить больше информации о компонентах
сигнального пути из литературных источников.
3. Использование специализированных веб ресурсов
Откройте EBIMed (http://www.ebi.ac.uk/Rebholz-srv/ebimed/index.jsp) и
попытайтесь поискать компоненты сигнального пути. Какие результаты
возвратил вам сервер?
Выберите пять компонентов и произведите по ним поиск с
использованием ChiliBot (
http://www.chilibot.net/
). Насколько полученная вами
карта соответствует исходному сигнальному пути? Нажмите на кнопку
«Edit Synonyms» (слева). Добавьте выбранные вами в п.1 синонимы.
Произведите повторный поиск.
Часть 2
В этой части мы попытаемся произвести распознавание автоматичеки
именованных биологических сущностей с использованием срества
Lingpipe и GATE. Вы можете получить дополнительную информацию и
навыки работы с GATE, просмотрев видео на странице инструмента
(http://gate.ac.uk/demos/gate-tutorial-all/part-one-all-with-annic-and-
ontology.html ).
1. Для оценки эффективности различных программных средств очень
важно иметь эталонный тестовый набор для тестирования. Этот набор
обычно называется «Золотой стандарт». В этом упражнении мы будем
использовать очень маленькую часть GENIA corpus (http://www-tsujii.is.s.u-
tokyo.ac.jp/~genia/topics/Corpus/), дополненную некоторыми деталями в
целях выполнения этой работы.
2. Скачайте и установите GATE на ваши компьютеры
http://gate.ac.uk/download/. На странице есть дистрибутивы для *NIX,
Windows и MacOS систем.
3. Запустите GATE. Параметры окон и шрифтов настраиваются в
Options
Configuration.
4. Откройте меню File
New Language Resource
GATE document. В
поле «имя» введите «genia» и затем нажмите на кнопку «browse» для

Страницы