Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 6 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

4
Лабораторная работа № 1
Целью этой работы является познакомить студента с двумя важнейшими
базами данных в Интернете - GenBank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html) , база данных генов и
геномов и Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/ ) – база данных
структур биологических макромолекул.
Во время выполнения этой работы студент должен узнать и освоить:
1. Поиск нуклеотидной последовательности по названию
определенного белка;
2. Поиск научных статей о конкретном белке;
3. Получать файл, описывающий 3D структуру белка;
4. Изучение третичной структуры белка с использованием 3D-
браузера.
ENTREZ машина на NCBI
US National Centre for Biotechnological Information (NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) поддерживает базу данных GenBank для
генных и геномных последовательностей. Этот веб-сервер связывает их с
другими базами данных и ресурсами, включая National Library of Medicine
http://www.nlm.nih.gov/ и предоставляет пакет программ для поиска по
GenBank – BLAST
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Этот сервер сделан и поддерживается
профессионально. Доступ к нему бесплатный и штат отвечает даже на
технические вопросы. Это – лучшее место в Интернете для начала поиска
биоинформатических данных.
а) В веб браузере откройте url http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez .
Несмотря на то, что мы будет использовать только один раздел на
сервере (и сможем иметь доступ к нему напрямую) стоит потратить
несколько минут для того, чтобы просмотреть домашнюю страницу
сайта для того, чтобы оценить его масштаб.
б) Кликните по ссылке Entrez. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Вы
перейдете на обновленную страницу Entrez (по французски «enter»,
произносится как “awntray”). На этой странице можно производить
поиск по нескольким базам данных одновременно. Для этого
упражнения нас интересует фермент isocitrate dehydrogenase,
играющий важную роль в генерировании энергии. Мы будем искать
ген, кодирующий этот белок, в кишечной бактерии, Escherichia coli.
Мы будем сравнивать бактериальный белок и соответствующий белок
млекопитающих.
в) Наберите isocitrate dehydrogenase в поле поиска и нажмите Go.
Результатом будут соответствующие записи из нескольких баз данных.
Нас интересуют данные из баз Nucleotide (DNA и RNA), Genome

Страницы