Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 8 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

6
Получение научных статей
Практикующим ученым часто нужны работы, связанные с
последовательностями, которые они скачали из баз данных. NCBI сервер
предоставляет ссылки на аннотации статей в National Library of Medicine
(MLM) и часто – pdf версии оригиналов. NLM, разумеется, содержит
аннотации статей, описывающих не только последовательнсоти ДНК и
белков. Все они доступны через машину PubMed из NCBI.
Вернитесь на страницу последовательнсоти с html ссылками (кнопка
Back браузера).
а) Кликните на PUBMED номере (3112144). Это перенесет вас на
страницу со ссылкой на оригинальную статью, откуда вы можете
попасть на веб сайт журнала, откуда статья может быть скачана в виде
Pdf файла.
Получение структурной информации о белке
Файл GenBank J02799 представляет белок isocitrate dehydrogenase
(ICDH) как строку символов. Однако белки – это биологические
последовательности, и будет очень полезно исследовать этот аспект. 3D
структуры белков определяются экспериментально и данные о них
депонируются в виде текстовых файлов, описывающих xyz координаты
атомов в пространстве. База данных, хранящая эти файлы – Protein Data
Bank (бывшая Brookhaven) и формат данных, обычно распознаваемый
большинством программ для молекулярной графики называется PDB
форматом. GenBank содержит некоторое количество данных из PDB в
совей MMDB ((Molecular Modelling Data Base), но также имеет ссылки на
Protein Data Bank.
Вернитесь на главную страницу Entrez, где может быть необходимым
повторить поиск по многим базам данных по запросу isocitrate
dehydrogenase.
а) Кликните на иконке Structure. Это откроет перед вами две страницы
ICDH структур. Нам нужно закрыть одну – ту, которая содержит
белок со связанным изоцитратом.
б) На второй странице кликните на 5ICD. Вы попадете на страницу
этой структуры на MMDB. Используйте RasMol Chime плагин – вы
сможете увидеть этот белок. Нам нужно скачать этот файл.
в) Кликните на PDB: 5ICD. Это переместит нас на страницу с этой
структурой на сайте PDB http://www.rcsb.org/pdb/.
г) Кликните Download File. Вам нужно ввести PDB ID “5ICD” в
главном окне. В опциях сохранения выберите “PDB format” и “No
compression”. Сохраните файл на диск как 5ICD.pdb.
Использование RasMol для просмотра и анализа структуры белка
Как уже не раз отмечалось, файлы в формате GenBank представляют
белки как строки символов 20-и буквенного алфавита. Хотя эти строки и

Страницы