Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 9 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

7
несут информацию, как, например, ДНК, эта информация реализуется
через трехмерную структуру белка и присущие ему свойства. Мы будем
использовать бесплатную кросс-платформенную программу RasMol для
визуализации этой структуры.
Запустите RasMol, напечатав rasmol в командной строке unix. Для
Windows нужно скачать пакет RasMol c
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ или http://rasmol.org/ и установить
его. Вы увидите черный графический экран. RasMol – это графическое
приложение с GUI. Но полная его мощь раскрывается через использование
командной строки и команд, вводимых в текстовом окне, которое обычно
скрыто.
Посмотрите на RasMol Reference Card
http://www.openrasmol.org/software/RasMol_2.7.3/doc/README.html
(Имеется также on-line manual, содержащий полный набор команд и
ключей программы). Загрузить RasMol на локальный компьютер можно
также с http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/ и
http://rasmol.org/
а) Разверните окно командной строки.
б) Если вы хотите, чтобы фон окна командной строки стал белым,
введите "set background white" в этом окне.
в) Загрузите файл 5ICD.pdb при помощи команды Open из меню File.
г) Белок появится в виде wire-frame. Это бывает полезно для биологов,
поскольку позволяет изучать отдельные аминокислоты, но в этом
случае может быть сложно связать их с первичной структурой белка,
то есть с его последовательностью.
д) Введите "restrict protein"
е) Выберите подменю Backbone из меню Display. Вы увидите начало
белка, однако его конец будет трудно найти на экране.
ж) Выберите Group (или Индекс) в меню Цвет. Теперь вы можете
проследить всю цепь благодаря градиенту цвета от голубого до
красного, вращая молекулу.
з) Выберите Spacefill (Молекулярная поверхность) из меню Display.
Теперь вы можете наблюдать белок как целостный объект, а не набор
точек и линий с промежутками между ними. Но такой вариант
просмотра затрудняет изучение внутренних структур.
и) Вы имеете возможность вращать (rotate) молекулу белка при помощи
левой кнопки мыши или правой кнопки мыши + shift key; перемещать
(move) молекулу при помощи правой кнопки мыши; увеличивать или
уменьшать масштаб изображения при помощи shift key + левой
кнопки мыши.
Теперь давайте взглянем на isocitrate, лиганд, связанный с белком.
а) Выберите Wireframe в меню Display.

Страницы