Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 10 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

8
б) Выберите CPK в меню Colours.
в) В командной строке наберите «select ligand».
г) Выберите Spacefill в меню Display.
Теперь вы видите isocitrate. Очевидно, что он находится внутри
молекулы белка.
а) В командной строке наберите «colour blue».
б) В командной строке наберите «select protein».
в) Выберите Spacefill в меню Display.
Вращая молекулу, вы можете увидеть, что молекула, окрашенная в
синий цвет (isocitrate) находится в «кармане» на поверхности белка. Так
происходит каталитическая реакция.
Необходимо отметить, что изменения в молекуле белка в области
связывания изоцитрата вследствие мутации в ДНК может привести к
нарушению взаимодействия молекул. Вероятно, что связывания не
произойдёт вообще. Однако изменения в других частях молекулы белка
могут не повлиять на связывание.
Лабораторная работа № 2
Цель работы:
1. Ознакомиться с пакетом программ EMBOSS;
2. Понять основные принципы декодирования
последовательности ДНК в последовательность белка;
3. Понять принципы работы алгоритмов сравнения
последовательностей;
4. Получить представление об открытой рамке считывания;
5. Освоить некоторые техники сравнения последовательностей и
интерпретации результатов сравнения.
EMBOSS http://emboss.sourceforge.net/ – это "The European Molecular
Biology Open Software Suite". EMBOSS является программным пакетом с
открытым кодом. Он был специально разработан для нужд молекулярных
биологов. Пакет EMBOSS автоматически распознаёт множество
биологических форматов данных и позволяет прозрачно для пользователя
получать эти данные из сетевых баз. EMBOSS включает в себя большое
количество утилит для анализа последовательностей, формируя таким
образом целостный программный пакет. EMBOSS – это хороший
бесплатный вариант для начала работы с данными, содержащими
последовательности. Для более глубокого анализа существуют
коммерческие продукты с соответствующей поддержкой, техническим
сервисом и обновлениями.
а) Скачайте и установите на компьютер последнюю версию EMBOSS
(ftp://emboss.open-bio.org/). Документация на пакет доступна на
http://emboss.sourceforge.net/apps/#list .

Страницы