Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 12 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

10
известного участка ДНК? Как известно, вторая нить,
последовательность ДНК обладает свойством обратной
комплементарности к первой:
5' C-A-T-G-T-C-C-A 3'
3' G-T-A-C-A-G-G-T 5'
Комплементарность в молекулярной биологии – это способность
нуклеотидов образовывать только строго определенные пары (см.
лекции).
Используйте программу revseq из пакета EMBOSS для:
- построения обратной последовательности;
- построения комплементарной последовательности;
- построения обратно-комплементарной
последовательности.
Проделайте эти шаги для последовательности J02799.
д) Сколько возможных трансляций (в последовательность аминокислот)
можно получить из одной последовательности нуклеотидов? Мы не
будет пытаться получить все эти варианты.
Используйте программу transeq из EMBOSS для того, чтобы
транслировать J20799 в возможную последовательность аминокислот.
Эта программа может проделать это для любой из трех прямых и трех
обратно-комплементарных последовательностей или для всех прямых
и\или обратно-комплементарных последовательностей – для этого
имеется флаг –frame.
Рамка считывания – это один из трех возможных путей считывания
последовательности нуклеотидов в ДНК или РНК как серии
неперекрывающихся троек нуклеотидов (триплетов) в зависимости от
того, на каком нуклеотиде (первом, втором или третьем) началось
чтение последовательности. Например, в TGCTGCTGC имеются
следующие три возможные рамки считывания: TGC TGC TGC, GCT
GCT и CTG CTG.
е) Проблема, описанная выше, заключается в выборе правильно рамки
считывания для трансляции. К счастью, в случае J02799 имеется
только один из возможных шести вариантов, который даёт реальную
и имеющую смысл ORF (open reading frame).
Используйте программу plotorf из EMBOSS для того, чтобы построить
график всех возможных ORF в последовательности J02799 и
идентифицировать самый длинный из них. Затем используйте эту
информацию для определения начального и конечного нуклеотида в
последовательности, которые имеют отношение к трансляции этого
гена в соответствующий белок. Что вы можете сказать по поводу
выбора ORF – правила, признаки etc? Важно помнить, что plotorf ищет
участки, ограниченные старт- и стоп-кодонами. Иными словами,

Страницы