Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 13 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

11
эукариотические экзоны, не имеющие старт-кодона, будут им
пропущены. Plotorf имеет смысл применять на последовательностях
ДНК прокариотов или на м-РНК эукариотов. Справочная информация
находится в
http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/help/plotorf
ж) Теперь давайте посмотрим на получаемые последовательности,
которые похожи на J02799. Почему нам может быть это нужно и
интересно?
− Эволюция последовательностей – из-за возникающих мутаций и
генных перестроек\событий в разных организмах могут оказаться
похожие последовательности;
− Поиск консервативных участков;
− Поиск записей с искусственно выполненными мутациями.
Для получения последовательностей, похожих на интересующий
нас участок ДНК, мы будем использовать пакет программ BLAST -
http://www.ebi.ac.uk/blastall/ или
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Вы должны будете сохранять
результаты в виде html-страниц – они потребуются нам в
дальнейшей работе.
Выберите подходящую базу данных и программу (см. справку
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-protein.html).
Используйте blastn в базе данных EMBL для поиска и сравнения
нуклеотидных последовательностей и blastp в SwissProt для
аминокислотных последовательностей (белков).
Попробуйте найти последовательности, похожие на J02799.
а) Вирус H5N1 avian (птичий грипп) является очень вирулентным и
опасным не только для птиц, но и для человека. Одним из его свойств
является высокая мутационная активность.
Получите любую из последовательностей H5N1 в GenBank и затем
при помощи BLAST найдите похожие последовательности. Каковы
характеристики и локализация найденных последовательностей?
б) Даны три последовательности неизвестного происхождения и
неизвестных функций:
− мРНК:
acauuugcuu cugacacaac uguguucacu agcaaccuca aacagacacc auggugcacc
ugacuccuga ggagaagucu gcgguuacug cccugugggg caaggugaac guggaugaag
uuggugguga ggcccugggc aggcugcugg uggucuaccc uuggacccag agguucuuug
aguccuuugg ggaucugucc acuccugaug caguuauggg caacccuaagg ugaaggcuc
auggcaagaa agugcucggu gccuuuagug auggccuggc ucaccuggac aaccucaagg
gcaccuuugc cacacugagu gagcugcacu gugacaagcu gcacguggau ccugagaacu
ucaggcuccu gggcaacgug cuggucugug ugcuggccca ucacuuuggc aaagaauuca
ccccaccagu gcaggcugcc uaucagaaag ugguggcugg uguggcuaau gcccuggccc
acaaguauca cuaagcucgc uuucuugcug uccaauuucu auuaaagguu ccuuuguucc

Страницы