Картирование генома и обратная генетика. Буторина А.К - 15 стр.

                                  15
       1.3.1. ПДРФ – маркеры
       ПДРФ (полиморфизм длин рестрикционных фрагментов ДНК,
restriction fragments length polymorphism – RFLP). Было установлено, что
генетическим маркером может быть любое место в геноме, где произошло
изменение в последовательности ДНК, которое обнаруживается как внут-
реннее различие между индивидами в популяции, но никаких внешних
(фенотипических) различий между ними при этом не наблюдается.
       У бактерий установлен и выделен целый ряд ферментов – рестрик-
таз, которые узнают специфические последовательности в молекуле ДНК
(обычно составляющие 4-6 нуклеотидов) и разрезают двойную спираль
внутри или вблизи сайта узнавания, в результате чего образуются рестрик-
ционные фрагменты, или рестрикты.
       Отсутствие сайта узнавания может быть связано с делецией, инсер-
цией или заменой нуклеотидов. Следовательно, любая мутация, изменяю-
щая последовательность нуклеотидов сайта рестрикции, уничтожает этот
сайт (рисунок 4).
                  сайты рестрикции
                                                           образуется
                   мутация в сайте                        3 фрагмента
                     рестрикции


                                                           образуется
                                                          2 фрагмента

     Рисунок 4. Мутация в сайте рестрикции приводит к изменению числа
и длины рестрикционных фрагментов ДНК

      Полное расщепление анализируемой геномной ДНК отдельными ре-
стриктазами приводит к образованию определенного набора фрагментов
ДНК, число и размеры которых соответствуют расположению сайтов рест-
рикции. Гибридизация по Саузерну позволяет определять размеры и вза-
имное расположение рестрикционных фрагментов ДНК после их электро-
форетического разделения. При наличии мутации в одном из сайтов рест-
рикции этот сайт остается нерасщепленным после завершения рестрикции,
что приводит к слиянию соседних рестрикционных фрагментов ДНК, раз-
деляемых мутантным сайтом, и образованию фрагмента ДНК большего
размера (рисунок 4). В результате длина рестрикционных фрагментов
ДНК, содержащих мутантные сайты, может меняться (становится поли-
морфной), что четко выявляется при сравнении ДНК из разных источников
методом ПДРФ.