ВУЗ:
Составители:
Рубрика:
10
организмами на надвидовом уровне . Однако по мере накопления данных по
нуклеотидным последовательностям 16S рДНК стало очевидным, что разрешающая
способность последовательностей 16S рДНК ограничена при рассмотрении организмов
на видовом уровне . В первую очередь это связано с высокой консервативностью
молекулы 16S рДНК. Во многих исследованиях было показано , что если штамм имеет
менее чем 97% сходства по 16SрДНК с ближайшим филогенетическим соседом, то
уровень ДНК-ДНК гибридизации между этими штаммами не будет превышать 70% . В
ряде случаев показано , что штаммы разных видов одного рода с уровнем ДНК-ДНК
сходства ниже 70% имели практически или полностью идентичные последовательности
16S рДНК. Это еще раз подтверждает ограниченность разрешения метода
секвенирования нуклеотидных последовательностей 16SрДНК на уровне вида . Особенно
это касается близкородственных организмов и штаммов из схожих экологических ниш .
Требования к качеству данных по нуклеотидным последовательностям 16SрДНК
постоянно возрастают. В течение последних нескольких лет при описании новых
таксонов рекомендуется определять не менее 1300 нуклеотидов из примерно 1550 в гене
16S рРНК. В настоящее время создается база данных по 16S рДНК типовых штаммов, в
которую отбираются нуклеотидные последовательности более высокого качества:
последовательность длиной не менее 1400 нуклеотидов, менее 4% двусмысленных,
неясных позиций и менее чем 10 пропущенных нуклеотидов.
Необходимо отметить особую роль данных по 16S рДНК в экологических
исследованиях , направленных на выявление и оценку микробного разнообразия. В
последнее десятилетие были разработаны методы анализа микробных популяций и
идентификации организмов без их выделения в культуру. На основании анализа
нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК удается определить
филогенетическое положение некультивируемых организмов, а исходя из этого - сделать
предположения относительно физиолого - биохимических свойств этих организмов,
которые, в свою очередь, могут быть использованы при подборе условий для выделения
этих организмов в культуру.
3. ДНК - ДНК гибридизация
Этот метод все еще остается стандартным при определении видовой
принадлежности штаммов прокариот. Данные, накопленные в течение нескольких
десятилетий , показали высокую корреляцию между результатами ДНК-ДНК
гибридизации и фенотипическими характеристиками. Общий принцип
гибридизационного анализа основан на обратимости водородных связей в ДНК и
заключается в следующем : двуцепочечные молекулы ДНК можно в особых
условиях денатурировать, превратив в одноцепочечные, а затем
реассоциировать, восстановив первоначальную структуру. Оказалось, что
одноцепочечные ДНК из различных организмов тоже могут в определенных
условиях образовывать двухцепочечные гибридные структуры или дуплексы .
С помощью метода молекулярной гибридизации ДНК-ДНК сравниваются
нуклеотидные последовательности тотального генома. Оказалось, что при этом
количество образующихся гибридов зависит от родства сравниваемых организмов, т.е.
чем ближе организмы , тем больше гибридов. Реакцию , в которой гибридизуются
одноцепочечные ДНК одного организма, называют гомологичной, а количество
10 организмами на надвидовом уровне. Однако по мере накопления данных по нуклеотидным последовательностям 16S рДНК стало очевидным, что разрешающая способность последовательностей 16S рДНК ограничена при рассмотрении организмов на видовом уровне. В первую очередь это связано с высокой консервативностью молекулы 16S рДНК. Во многих исследованиях было показано, что если штамм имеет менее чем 97% сходства по 16SрДНК с ближайшим филогенетическим соседом, то уровень ДНК-ДНК гибридизации между этими штаммами не будет превышать 70% . В ряде случаев показано, что штаммы разных видов одного рода с уровнем ДНК-ДНК сходства ниже 70% имели практически или полностью идентичные последовательности 16S рДНК. Это еще раз подтверждает ограниченность разрешения метода секвенирования нуклеотидных последовательностей 16SрДНК на уровне вида. Особенно это касается близкородственных организмов и штаммов из схожих экологических ниш. Требования к качеству данных по нуклеотидным последовательностям 16SрДНК постоянно возрастают. В течение последних нескольких лет при описании новых таксонов рекомендуется определять не менее 1300 нуклеотидов из примерно 1550 в гене 16S рРНК. В настоящее время создается база данных по 16S рДНК типовых штаммов, в которую отбираются нуклеотидные последовательности более высокого качества: последовательность длиной не менее 1400 нуклеотидов, менее 4% двусмысленных, неясных позиций и менее чем 10 пропущенных нуклеотидов. Необходимо отметить особую роль данных по 16S рДНК в экологических исследованиях, направленных на выявление и оценку микробного разнообразия. В последнее десятилетие были разработаны методы анализа микробных популяций и идентификации организмов без их выделения в культуру. На основании анализа нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК удается определить филогенетическое положение некультивируемых организмов, а исходя из этого - сделать предположения относительно физиолого-биохимических свойств этих организмов, которые, в свою очередь, могут быть использованы при подборе условий для выделения этих организмов в культуру. 3. ДНК-ДНК гибридизация Этот метод все еще остается стандартным при определении видовой принадлежности штаммов прокариот. Данные, накопленные в течение нескольких десятилетий, показали высокую корреляцию между результатами ДНК-ДНК гибридизации и фенотипическими характеристиками. Общий принцип гибридизационного анализа основан на обратимости водородных связей в ДНК и заключается в следующем: двуцепочечные молекулы ДНК можно в особых условиях денатурировать, превратив в одноцепочечные, а затем реассоциировать, восстановив первоначальную структуру. Оказалось, что одноцепочечные ДНК из различных организмов тоже могут в определенных условиях образовывать двухцепочечные гибридные структуры или дуплексы. С помощью метода молекулярной гибридизации ДНК-ДНК сравниваются нуклеотидные последовательности тотального генома. Оказалось, что при этом количество образующихся гибридов зависит от родства сравниваемых организмов, т.е. чем ближе организмы, тем больше гибридов. Реакцию, в которой гибридизуются одноцепочечные ДНК одного организма, называют гомологичной, а количество
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- …
- следующая ›
- последняя »