Современная систематика прокариот. Грабович М.Ю - 11 стр.

                                         11
образовавшихся      в    ней     гибридов принимают за 100%. Уровень связывания
одноцепочечных молекул в реакции между ДНК различного происхождения
(гетерологичной) будет ниже, что позволяет определить их сходство, выраженное в %.
Этот показатель называют процентом или уровнем сходства, и он является основным
в оценке результатов метода молекулярной гибридизации ДНК. Обнаружение гибридов
обычно осуществляют с помощью радиоактивной метки.
       Существуют различные модификации метода проведения реакции гибридизации
ДНК-ДНК. Наиболее распространена Саузерн-блот гибридизация. При этом
высокополимерную ДНК определенным образом фиксируют                   на     твердом
нерастворимом       носителе. В качестве такого носителя обычно используются
нитроцеллюлозные мембранные фильтры.            Меченые радиоактивным изотопом
фрагменты ДНК другого организма денатурируют, и раствор такой ДНК в
соответствующем буфере добавляют к препарату фиксированной на фильтрах ДНК.
Затем в специальных условиях проводят реакцию гибридизации. После окончания
реакции отмывают не связавшиеся фрагменты, в результате чего радиоактивная метка
остается только в гибридах, фиксированных на фильтрах. Количество образовавшихся
гибридов оценивают по степени их радиоактивности в жидкостном сцинтилляционном
счетчике. Уровень сходства сильно зависит от метода и ряда параметров, определяющих
кинетику реассоциации. Обычно определяемый процент гомологий получают в так
называемых оптимальных условиях реакции, когда температура проведения реакции
гибридизации примерно на 250 ниже температуры плавления нативной ДНК.
       Метод ДНК-ДНК гибридизации позволяет судить только об общей гомологии
нуклеотидных последовательностей, а уровень сходства не отражает действительной
степени сходства последовательностей ДНК на уровне первичных структур. Цистроны
ДНК, различающиеся по последовательности нуклеотидов более чем на 20%,
практически не реассоциируют, поэтому установление отдаленных родственных связей
между организмами этим методом невозможно, он применяется только для
близкородственных организмов и позволяет установить, главным образом, границы
видов (отношения внутри рода), реже родов бактерий. Считается, основываясь на
значительной выборке хорошо изученных видов бактерий, что уровень ДНК-ДНК
гибридизации около 70% и выше характеризует организмы внутри одного вида, 10%-
60% - одного рода, менее 10% - разного рода.
                   Краткая характеристика доменов прокариот
                                ДОМЕН ARCHAEA
Филум 1. Crenarchaeota
На основе анализа 16S рДНК известные представители филума были объединены в один
класс Thermoprotei. На филогенетическом дереве класс формирует три различные ветви:
порядки Thermoproteales, Desulfurococcales и Sulfolobales.
Crenarchaeota содержат в основном гипертермофильные серозависимые прокариоты и
представлены       морфологически       гетерогенными      группами     организмов:
грамотрицательные палочки (Thermoproteus tenax), нити, кокки (Desulfurococcus
mucosus, Sulfolobus acidocaldarius) или дисковидные клетки. Подвижные либо
неподвижные; аэробы, строгие анаэробы или факультативные анаэробы; растут
хемоавтотрофно или хемогетеротрофно.           Способны расти в спектре значений
температур 70-113°С. В анаэробных условиях восстанавливают S° до H2S; в аэробных