Современная систематика прокариот. Грабович М.Ю - 9 стр.

                                         9
исследуемого бактериального объекта, при этом в каталогах учитывали только
олигонуклеотиды, содержащие не меньше шести нуклеотидов.                Для оценки
результатов анализа каталогов олигонуклеотидов 16S рРНК использовали
количественный показатель         сходства попарно сравниваемых каталогов или
коэффициент ассоциации (SАВ). Коэффициент представляет собой отношение удвоенной
суммы оснований, общих для двух каталогов А и В, к сумме всех оснований в двух
каталогах (SАВ = 2NAB/ NA+ NB). Общая шкала значений SAB содержит значения от нуля
(абсолютно различные последовательности) до единицы (абсолютно идентичные
последовательности). Для интерпретации результатов сравнения               каталогов
олигонуклеотидов 16S рРНК чаще всего применяется кластерный анализ с построением
дендрограмм, основанных на значениях коэффициента SАВ.
       Другим      не количественным способом оценки сходства              каталогов
олигонуклеотидов является       метод     “этикеток” или “сигнатур”(signature). При
применении этого метода в каталогах, характеризующих                 представителей
определенного таксона, производятся поиски общих           участков   нуклеотидных
последовательностей, или отдельных специфических нуклеотидов, свидетельствующих
о едином происхождении членов таксона.
         В результате применения метода сравнения каталогов олигонуклеотидов
16S рРНК стало возможным экспериментальное построение универсального
филогенетического дерева. Вместе с тем, будучи приближенным, используемый
метод сравнения последовательностей 16S рРНК был не лишен недостатков.
Прежде всего, при сравнении сходства каталогов олигонуклеотидов необходимо
было исходить из допущения о равномерности скорости эволюции в каждой из
ветвей. Кроме того,       точность определения в данном методе резко падала с
уменьшением значений сходства каталогов. Снять           эти ограничения       могло
сравнение полностью расшифрованных молекул 16S рРНК. Это оказалось возможным
с применением технологий получения полного сиквенса. В конечном итоге
сравнительный анализ секвенированных последовательностей 16SрРНК стал
общеупотребимым. Сравнивать секвенированные последовательности можно только
с применением компьютеров.
        Одним из способов          оценки сходства последовательностей 16 S рДНК
является      применение сравнительных количественных оценок, выраженных в
процентах, т.е. истинных уровней гомологии последовательностей (тогда как с
помощью метода молекулярной гибридизации мы можем получить лишь
относительные). Такие оценки получают практически в каждом экспериментальном
исследовании, но гораздо больше информации предоставляют более сложные способы
обработки,    включающие       несколько     этапов и     позволяющие     построить
филогенетическую       схему. Филогенетические построения на основе анализа генов
16SрРНК стали неотъемлемой частью интегрированного "полифазного" подхода при
описании бактериальных таксонов. Данные по нуклеотидным последовательностям
16SрДНК практически всех представителей родов и большинства видов имеются в
соответствующих базах данных - Рибосомальной базе данных (RDB), Национального
центра биологической информации (NCBI).
       Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей 16S рДНК показал
высокую степень разрешения этого метода при рассмотрении родства между