Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах. Кобзев Г.И. - 64 стр.

редактором и именно его понимает modyp, точнее программа premd. Обычно
сохраняют как в том, так и в другом формате, причём при сохранении в pdb
надо выставить флажки hydrogens и connectivity.

     3.2.5 Расчет методами квантовой химии с предварительной
оптимизацией методом молекулярной механики

   При расчете химической системы, программа HyperChem выбранную
часть системы может рассчитывать каким – либо методом квантовой химии,
а остальную методом молекулярной механики. Программа позволяет
проводить подобные расчеты с использованием всех полуэмпирических и
неэмпирических квантово-химических методов. Необходимо помнить, что
при оптимизации геометрии системы только выделенная часть атомов будет
менять свои координаты в ходе оптимизации. Остальные атомы будут
вносить свой вклад лишь как некое статическое поле, генерируемое зарядами
на атомах, вычисленными или присвоенными им ранее.
    Чтобы производить расчеты в смешанном режиме, необходимо выделить
ту часть атомов молекулы, которая будет считаться как квантово-
механическая. В случае, если некоторые из молекул лишь частично
выделены, необходимо убедится, что граничные атомы связаны с остальной
частью sp3-связями. Убедится в этом, можно используя параметр Extend to
sp3 в меню Select, до того, как запускать полуэмпирический расчет. Эта
опция распространит выделение рассчитываемой области по всем
направлениям до тех пор, пока выделенная часть не достигнет конечного
атома молекулы, либо не найдет sp3-sp3 связь.

     3.2.6 Расчеты методом Аb initio в рамках пакета HYPERCHEM

   Диалоговое окно (рисунок 14) служит для более точной настройки
параметров ab initio расчетов.
   Опция Integral Format может работать в режиме Regular.
   Regular определяет использование обычного формата для записи
двухэлектронных интегралов. HyperChem использует 16 байт для записи
каждого из интегралов. Первые 8 байт хранят 4 индекса интеграла, а
последние 4 – его значение. Программа сохраняет эти величины только в том
случае, если абсолютное значение интеграла больше или равно параметру
Cutoff. В противном случае значение этого интеграла приравнивается к 0.
Двухэлектронные интегралы и их индексы сохраняются на диске без
модификации при выборе опции Regular и могут быть записаны в .log-файл
при соответствующем выборе параметра Quantum PrintLevel меню StartLog.
   Параметр Cutoff позволяет сохранять на диске только те интегралы,
абсолютное значение которых равно или превышает задаваемый параметр.
По умолчанию он равен 10**-10 Хартри. Этот параметр контролирует
осуществление SCF(ССП)-итераций, точность волновых функций и энергии,


                                                                       64