Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 17 стр.

UptoLike

Составители:

Рубрика:

проведите сравнение этих последовательностей и уже имеющейся

isocitrate dehydrogenase от E.coli (J02799).

3. Повторите п.2, используя программу stretcher (алгоритм Myers-Miller,

работает быстрее, но менее точно, чем классический алгоритм). Отметьте

различия в:

а) score, значениях sequence identity, sequence similarity,количестве

вставленных промежутков, иные отличия;

б) времени выполнения (имеется ли достаточно сильная разница)?

4. Точечный график, по всей видимости, самый старый метод сравнения

последовательностей (рисунок 2). Такой график – это визуальное

представление похожих или идентичных участков в двух

последовательностях. В таком представлении длина окна может оказаться

фиксированной, также, как и длины двух последовательностей (но не

всегда). Всякий раз, когда символ (или серия последовательно идущих

символов – окно) одной последовательности идентичен\похож (в

биологическом смысле) на символ из другой последовательности, на

график наносится точка или короткая диагональ в соответствующей

позиции.

Рисунок 2. Точечный график для оценки идентичности двух

последовательностей

Таким образом, когда две последовательности имеют

похожие\идентичные участки по своей длине, диагональные линии,

идущие от одного угла графика к противоположному, показывают эти

участки. Это может быть главная диагональ (из района нуля и до конца

обеих последовательностей), возможно, с перерывами, или отдельные