Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 16 стр.

UptoLike

Составители: 

Рубрика: 

14
кролик;
свинья.
б) Попробуем сконструировать филогенетическое дерево для человека,
гориллы, кролика и свиньи на основе оценок глобального
выравнивания (наподобие приведенного на рисунке 1). Для
построения дерева нам понадобится создать таблицу 4х4 (таблица 1) и
заполнить её оценками выравнивания (являющимися, в сущности,
показателями эволюционного расстояния между
последовательностями).
Рисунок 1. Пример укорененного филогенетического дерева
Таблица 1.
Human Gorilla
Rabbit Pig
Human x x x x
Gorilla x x x
Rabbit x x
Pig x
Вы также можете попробовать использовать значения sequence similarity
(для белков), заполнив предлагаемую таблицу еще раз. Будет ли построено
такое же дерево, как при использовании sequence identity?
2. Используя навыки, полученные в результате выполнения заданий
лабораторной работы 2, скачайте аминокислотные и нуклеотидные
последовательности human isocitrate dehydrogenase. Используя needle,