Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 18 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

16
линии в разных местах графика. Попробуйте объяснить физический и
биологический смысл коротких линий, рассеянных по графику.
Программа dotmatcher отображает точечный график выравнивания двух
последовательностей. Позволяет менять длину слова – минимальное
количество подряд совпадающих символов.
Программа Dotter – более интерактивна по сравнению с предыдущей.
Программа и документация: http://bioinformatist.org/index.php/Dotter и
http://210.86.230.110/bioinfo/material/20070822_seq/Dotter%20binaries/Dotter
%20info.pdf. Программы, строящие точечные графики, позволяют быстро
найти консервативные и изменчивые участки в двух последовательностях.
Используйте одну из программ, строящих точечные графики, для
визуального сравнения:
а) Isocitrate dehydrogenase человека и E.coli;
б) Haemoglobin от двух разных организмов;
в) любой последовательности с ней же;
г) последовательность с её обратной копией. Вам потребуется
программа revseq (см. лабораторную работу № 2);
д) соедините в текстовом редакторе две очень разных
последовательности в различном порядке (вопрос по ходу: можно ли
соединить нуклеотидную и аминокислотную последовательности?
Например, соедините последовательности haemoglobin (H) и isocitrate
dehydrogenase (I) в порядке HI и IH. Сравните получившиеся
синтетические последовательности (называемые в биологии
химерами) с использованием метода глобального и локального
выравнивания (в соответствующих программах);
е) попробуйте сделать это для:
− нуклеотидной последовательности;
− аминокислотной последовательности.
ж) в чём разница выравниваний?
з) Попробуйте изменить параметр thershold. Получится ли получить
лучшее представление совпадающих регионов.
5. Программа water и matcher рассчитывают локальное выравнивание
(http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment#Local_alignment) – поиск
похожих\идентичных регионов (локальных участков) в двух (в случае
парного выравнивания) последовательностях по всей их длине. Методы
локального выравнивания бывают очень полезны для поиска по базам
данных и для решения других задач, например, для поиска небольших
идентичных или похожих участков у белков – доменов.
Используйте эти программы для выравнивания некоторых из
последовательностей, с которыми сегодня работали. Получилось ли
обнаружить качественное локальное выравнивание?

Страницы