Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 22 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

20
Одна из самых популярных программ для MSA – ClustalW (и ее
модификации). Она использует вышеописанный подход для выполнения
MSA последовательностей ДНК или белков. Она определяет лучшее
парное выравнивание и помещает его на первые позиции, выделяет цветом
и т.д. Программа также генерирует филограмму (филогенетическое
дерево) и кладограмму (граф сестринского соответствия между
известными группами без учёта фактора времени в эволюции). Это может
быть полезно для изучения эволюционных взаимосвязей в наборе
последовательностей.
1. Для выполнения MSA используйте ClustalW на сайте EBI
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/. Самый простой формат
последовательностей при использовании ClustalW - FASTA
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/:
>SEQUENCE_NAME1 PLUS ANY OTHER COMMENTS
SEQUENCE1 (может быть в несколько строк)
>SEQUENCE_NAME2 PLUS ANY OTHER COMMENTS
SEQUENCE2 (может быть в несколько строк)
...
>SEQUENCE_NAMEn PLUS ANY OTHER COMMENTS
SEQUENCEn (может быть в несколько строк)
Можно также использовать ClustalW локально в виде командной строки
(на UNIX) или многочисленные реализации для Windows.
а) Запустите ClustalW (в случае локального использования – без
параметров)
б) Выберите тип последовательности Protein.
в) Загрузите последовательности в форму в формате Fasta передайте на
обработку fasta-файл с диска (поле Upload).
г) Установите переключатель Slow/Fast в Slow – полный точный MSA.
д) Вы можете получить результаты по e-mail, отметив соответствующий
checkbox или увидеть их на открывшейся веб-странице.
Используйте последовательности белков из семейства глобинов,
представленные в конце лабораторной работы (как список или fasta-файл).
Символы консенсуса:
Полученное выравнивание будет содержать следующие символы под
каждым блоком последовательностей, показывающие степень консервации
символа в каждой колонке:
* - все аминокислоты/нуклеотиды в этой колонке идентичны во всех
последовательностях;
: - имеются консервативные замены (см. таблицу цветов на странице);
. – имеются полуконсервативные замены.
Вам нужно обратить внимание на:
а) Файл выравнивания (лучше с цветами);

Страницы