Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 23 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

21
б) Филограмму и кладограмму (отметьте разницу между ними);
в) Выравнивание в редакторе Jalview (может быть запущен на странице
результатов ClustalW http://www.jalview.org/).
Вы также можете построить выравнивание других интересующих вас
последовательностей, найденных в базе NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) и сохраненных в fasta-формате. Например:
− если вас интересуют последовательности вируса птичьего гриппа,
выполните поиск по H5N1. В случае ВИЧ – поиск по HIV-2;
− вам потребуется выбрать последовательности (базы данных), с
которыми вы хотите поработать – это либо нуклеотидные либо
аминокислотные последовательности и соответствующие базы
данных;
− установите режим отображения FASTA;
− сохраните данные в текстовом файле;
− отредактируйте сохраненный файл: удалите все пробелы из первой
строки с комментариями и иные символы, которые вы не хотите
видеть в результатах выравнивания и убедитесь в том, что строки
комментариев для каждой последовательности в файле уникальна,
при необходимости отредактируйте эти строки для того, чтобы
последовательности можно было различать.
В конце лабораторной работы – последовательности H5N1 с их
локализацией, видовой принадлежностью, местом обнаружения вируса и
прочими данными.
Вы также можете использовать одну интересующую вас
последовательность (например, глобин) и затем использовать BLAST для
поиска похожих последовательностей. После этого вы можете сохранить
все или некоторые из них (например, от различных видов) в формате fasta
и использовать полученный файл для MSA.
Самостоятельно изучите 2can ClustalW tutorial
(http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/nucleotide/clustalw.html).
Сейчас мы рассмотрим выравнивание нескольких нуклеотидных
последовательностей гена белка тропомиозина (http://www.biology-
online.org/dictionary/Tropomyosin), номера доступа которого приведены
ниже:
BF056441 BE8487196 BF022813 BF452255 BG089808 BG147728
BI817778 AF186109 AF186110 AF310722 AF362886 AF362887 AF087679
SSAJ803 SSAJ804
Эти последовательности (в конце лабораторной работы) имеют больше
различий, чем исследованные нами глобины.
Попробуйте использовать другие программы для MSA, выполнив
выравнивания на ваших данных.

Страницы