Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 25 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

23
s/wublast/ blast2 (blast
2.0 with
gaps)
NCBI-Blast2
http://www.ebi.ac.uk/Tools/ss
s/ncbiblast/
NCBI blast2
(blastall)
program
MPsrch
http://www.ebi.ac.uk/Tools/M
Psrch/
Edinburgh
University's
new
implementati
on of the
Smith and
Waterman
algorithm
Scanps2.3
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sc
anps/
Version 2.3
of
Scanps.Fast
implementati
on of the true
Smith &
Waterman
algorithm for
protein
database
searches
4. Попробуйте провести различные поиски и выравнивания
последовательностей по базам данных, используя при этом различные
матрицы расстояний. Online помощь по выбору матриц –
http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/matrices.html .
5. Повторите поиск, используя BLAST c различным expected thresholds. Это
дает возможность уменьшить или увеличить список совпадающих
последовательностей\участков. Online помощь по использованию BLAST -
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi .
6. Вы можете производить поиск раздельно по целым геномам или
протеомам, используя сервер Proteomes & Genomes Fasta3
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/.
7. Попробуйте поэкспериментировать с ним.

Страницы