Составители:
Рубрика:
22
− T-coffee (http://www.igs.cnrsmrs.fr/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi) – эта
программа выполняет более точное выравнивание по сравнению с
ClustalW для последовательностей с идентичностью < 30%. Работает
медленнее;
− Muscle (http://phylogenomics.berkeley.edu/cgi-
bin/muscle/input_muscle.py) – результаты по e-mail.
Если вы хотите использовать пакет EMBOSS:
Документация по EMBOSS доступна на http://emboss.sourceforge.net/;
Пакет EMBOSS доступен как online, так и для использования локально.
2. Исследование из лабораторной работы № 3.
Программы water и matcher из пакета EMBOSS выполняют локальное
выравнивание двух последовательностей и находят в них похожие участки.
(http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment#Local_alignment)
Выравниваемые последовательности могут быть разной длины. Методы
локального выравнивания могут быть очень полезны при поиске в базах
данных и других случаях, например, при поиске наиболее совпадающих
небольших участков совпадений, например, доменов в белках.
Используя эти программы, проведите выравнивание
последовательностей, приведенных ниже. Удалось ли выявить хорошее
локальное выравнивание?
3. Программы, полезные для поиска последовательностей (таблица 2),
можно найти на EBI tools page (http://www.ebi.ac.uk/Tools/index.html).
Попробуйте поработать с некоторыми из них. Сравните результаты их
работы. Одинаковы ли они при одном и том же
запросе\последовательности? Оцените время работы различных
приложений для поиска последовательностей и результаты\подробности в
отчетах. Подробная online помощь по вопросам гомологии и сравнению
последовательностей - http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ .
Таблица 2.
Fasta3
http://www.ebi.ac.uk/Tools/ss
s/fasta/
Sequence
similarity and
homology
searching
against
nucleotide
and protein
database
using Fasta3
WU-Blast2
http://www.ebi.ac.uk/Tools/ss
Washington
University
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 22
- 23
- 24
- 25
- 26
- …
- следующая ›
- последняя »
