Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 31 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

29
Базы данных и инструменты поиска:
а) PROSITE (http://ca.expasy.org/prosite/) – база данных доменов и
семейств белков. Она содержит биологически важные сайты,
мотивы и профили, которые помогают довольно четко определить
семейство (если таковое имеется), к которому принадлежит новая
последовательность белка.
б) Приложение ScanProsite (http://ca.expasy.org/tools/scanprosite/)
позволяет пользователю сканировать последовательности белков (в
базе данных UniProt-SwissProt/TrEMBL, PDB или пользовательские
последовательности) на наличие мотивов, профилей или шаблонов
(паттернов), имеющихся в базе данных PROSITE или производить
поиск по белковым базам данных в поисках определенных мотивов.
Большинство программ, используемых в этой лабораторной работе,
находится на http://ca.expasy.org/tools/#pattern.
Некоторые программы, которые могут использоваться для поиска и
изучения шаблонов\мотивов (http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/motif/intro-
uk.html):
а) PRATT на EBI, http://ca.expasy.org/tools/pratt/ или PrattWWW
(http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::pratt): инструмент
для поиска мотивов (I. Jonassen). Руководство пользователя на Pratt
находится по адресу http://www.ebi.ac.uk/Tools/pratt/. Pratt ищет
повторяющиеся мотивы, может генерировать шаблоны - регулярные
выражения в синтаксисе ProSite и может находить шаблоны и
паттерны, являющимися важными, определяющими для введенных
последовательностей. Кроме того, программа может улучшать,
оптимизировать паттерны и шаблоны, которые находит.
б) MEME http://meme.sdsc.edu/meme/meme-input.html (Multiple EM for
Motif Elicitation): поиск мотивов (высококонсервативных обрастей) в
группах (наборах) последовательностей гомологичных ДНК или
белков (T. Bailey, C. Elkan, B. Grundy).
в) PFTOOLS (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::pftools):
PROFILE tools (P. Bucher).
г) SMILE (http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html):
Structured Motif Inference and Evaluation (L. Marsan, J. Allali).
Простые, структурные и распеделенные мотивы http://mobyle.pasteur.fr/cgi-
bin/portal.py?#forms::smile;
а) Prophet (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::prophet) веб-
сервер: выравнивание профилей, возможно с промежутками.
EMBOSS-prophet (http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-
bin/emboss/prophet) – как и весь EMBOSS, может быть запущен
локально;

Страницы