Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 32 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

30
б) Consensus (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-
bin/portal.py?#forms::consensus): Определение консенсусных
шаблонов в невыровненных последовательностях ДНК и белков.
Развитая статистическая база для штрафов за промежутки (G.Z.Hertz
и G.D.Stormo).
в) PatternHunter - http://www.bioinformaticssolutions.com/all-products/ph
Дополнительные ресурсы для поиска мотивов и шаблонов:
http://bioweb2.pasteur.fr/motif/
Цитохромы Р450 – семейство наиболее мощных детоксицирующих
ферментов организма. Известно более 60-и ключевых форм с сотнями
возможных генетических вариаций, выливающихся в огромный спектр
восприимчивости к различным токсинам. Дополнительную информацию
по Р450 можно найти по ссылке http://www.mall-net.com/mcs/p450.html.
Биохимики высказали предположение (благодаря интуиции и опыту), что
последовательности белка Р450 может быть описана (характеризована)
следующим мотивом: FMFEGHDTTA.
Этот мотив был обнаружен в наборе последовательностей Цитохрома
Р450 (последовательности в конце лабораторной работы).
Однако, возник вопрос, нет ли других мотивов\паттернов, которые могут
характеризовать и выделять последовательности цитохромов Р450 из
других семейств.
В этом реальном исследовании нужно:
а) Доказать, что мотив FMFEGHDTTA действительно является
уникальным и может идентифицировать семейство Р450 – это
значит, что можно использовать указанный мотив для поиска по базе
ProSite для идентификации;
б) Использовать любую из найденных последовательностей для того,
чтобы попытаться извлечь какую-либо дополнительную
информацию о возможных мотивах\шаблонах, имеющихся в
найденном сете последовательностей. Эти шаблоны будут
регулярными выражениями, генерированными при помощи
программы Pratt.
в) Оценить эти сгенерированные шаблоны\паттерны при помощи
поиска по сету последовательностей цитохрома Р450 и сету
последовательностей не-Р450. Оценить их описательную и
дискриминантную силу.
1. Проверьте, что вышеуказанный мотив (FMFEGHDTTA)
присутствует во всех последовательностях набора изученных
цитохромов Р450 (в конце лабораторной работы). Вы можете
использовать приложение patmatdb локально (предварительно
установив пакет EMBOSS) или в любой из многочисленных её
online реализаций – например
http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/.

Страницы