Составители:
Рубрика:
31
Помощь, документация на patmatdb –
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/patmatdb.h
tml.
2. Используя ScanProsite – http://ca.expasy.org/tools/scanprosite/ –
(Поиск «Motif(s) to scan for:» – правое поле), проведите поиск
мотива FMFEGHDTTA среди последовательностей базы
SwissProt (галочка – только около UniProtKB/Swiss-Prot).
3. Загрузите найденные последовательности в формате Fasta –
последовательно откройте каждую найденную последовательность
и нажмите “fasta”. Создайте затем файл multi-fasta – все
последовательности в одном файле.
4. Проверьте, что найденные последовательности специфичны в
отношении искомого мотива – поместите их в поле Sequences to be
scanned.
Теперь нам нужно попытаться автоматически генерировать
мотивы, определяющие (характеризующие) набор полученных
последовательностей белков Р450, а затем протестировать
качество этих шаблонов:
5. Используйте PRATT (http://www.ebi.ac.uk/Tools/pratt/) – это
приложение, которое автоматически составляет регулярные
выражения, описывающие эти последовательности. Пример
работы PRATT – http://www.ii.uib.no/~inge/papers/mdl/small.html.
− Произведите обратный поиск по базе SwissProt с
использованием сгенерированных паттернов. Какие
последовательности были найдены?
Эти поиски вернули исходные последовательности?
Какие иные последовательности (если есть) были найдены по
введенным шаблонам? Являются ли они последовательностями
Р450?
− Вы можете также использовать приложение IBM TEIRESIAS
http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html для генерации
паттернов\шаблонов.
6. Используйте набор последовательностей P450, который вы сумели
идентифицировать при помощи FMFEGHDTTA в качестве набора
positive examples.
7. Случайным образом разделите этот набор на обучающую и
тестовую выборки (в соотношении обучающая\тестовая между 1:1
и 1:3).
8. Используйте PRATT для обучения (получения) надёжного
паттерна по обучающей выборке.
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 31
- 32
- 33
- 34
- 35
- …
- следующая ›
- последняя »