Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 35 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

33
Другие программы и ресурсы
а) PPSEARCH (http://www.ebi.ac.uk/Tools/ppsearch/): производит поиск
мотивов в исследуемой последовательности, быстро сравнивает
введенную последовательность с шаблонами\паттернами,
накопленными в базе данных шаблонов Prosite и пытается предсказать
функцию неизвестного белка. Приложение запрашивает на вход
последовательность белка. ДНК\РНК могут быть транслированы в
последовательность белка при помощи transeq
(http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/).
б) База данных EMOTIF (http://motif.stanford.edu/ или
https://bioinformatics.cs.vt.edu/emotif/) – это коллекция более чем 170000
высокоспецифичных и чувствительных мотивов последовательностей
белка, представляющих консервативные свойства и биологические
функции. Эти белковые мотивы были выделены при помощи более чем
7600 выравниваний последовательностей в базе данных BLOCKS+ (23
июня 2000) и всех (8244) выравниваний белковых последовательностей
в базе PRINTS. Для построения использовался также алгоритм emotif-
maker, разработанный Nevill-Manning с соавторами. Благодаря тому,
что аминокислоты и их группы в найденных мотивах отражают
критические позиции в белках, закрепленных эволюционно, поисковые
алгоритмы, примененные в EMOTIF, могут идентифицировать и
классифицировать весьма большую группу различных белковых
последовательностей – большую, чем методы, основанные на
глобальном выравнивании последовательностей. База данных
мотивов\паттернов EMOTIF доступна по адресу
http://motif.stanford.edu/ и https://bioinformatics.cs.vt.edu/emotif/.
− Emotif Maker (https://bioinformatics.cs.vt.edu/emotif/emotif-
maker.html) – программа для генерации мотива\шаблона
(регулярных выражений для последовательностей,
соответствующих функционально важным областям) на основании
результатов выравнивания;
− Emotif Scan (https://bioinformatics.cs.vt.edu/emotif/emotif-scan.html)
– программа для поиска последовательности, соответствующей
созданному регулярному выражению, в базе данных
последовательностей.
− Emotif Search (https://bioinformatics.cs.vt.edu/emotif/emotif-
search.html) – программа для сопоставления последовательности
определенным участкам по базе данных блоков (blocks
(http://blocks.fhcrc.org/blocks/help/about_blocks.html)) и отпечатков
(prints
(http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/index.php)).
Блоки – это сегменты без блоков в множественном выравнивании

Страницы