Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 37 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

35
и исходные коды пакета, инструкции и примеры и ссылки на другие
программы для филогенетических исследований.
BLAST: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi и его разновидность PSI-
Blast (меню distance tree или results).
Упражнения
А. Построение филогении в семействе глобинов (бета-цепи)
Используйте ClustalW/Phylip для вычисления дистанций и матриц
замен.
а) Последовательности глобинов в формате fasta, необходимые для
проведения работы, приведены в приложении.
б) Откройте любую из реализаций ClustalW (онлайн версии, локальные
реализации или в EMBOSS (программа emma, которая является
оболочкой ClustalW)).
− Загрузите файл fasta, содержащий последовательности глобинов,
при помощи кнопки Browse.
− Оставьте настройки, установленные по умолчанию. Формат
вывода должен быть установлен в PHYLIP.
− Нажмите Submit – алгоритм выравнивания будет запущен.
− Скопируйте выравнивание в новый текстовый файл и сохраните
его (это будет служить входными данными для программ Phylip).
в) Откройте каталог, в котором вы сохранили файл выравнивания в
формате Phylip.
г) С помощью программы protdist из пакета Phylip (или онлайн версии:
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::protdist и
http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/pise/protdist.html ) рассчитайте матрицу
расстояний, соответствующую построенному выравниванию
глобинов. Введите имя сохранённого выравнивания в формате Phylip
в окно protdist.
д) Сохраните результаты работы protdist в файле matrix.
е) Теперь мы можем построить деревья по алгоритму neighbor-joining,
используя программу neighbor из пакета Phylip или на сервере
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::neighbor. Введите
матрицу расстояний в окно ввода. Заметьте, что на данный сервис
позволяет выбрать метод построения дерева также и по алгоритму
UPGMA. Вы можете попробовать построить деревья по обоим
алгоритмам и сравнить их.
ж) Neighbor выводит два различных файла – outfile (визуализацию
дерева) и treefile (расстояния).
з) Вы можете построить неукорененное дерево для neighbor joining ,
используя программу drawtree или укорененное (для UPGMA) при
помощи drawgram. Пригодится созданный treefile.

Страницы