Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 39 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

37
9
SIV
cpz
X52154
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X52154
chimpanzee
10
SIV
agm
M58410
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M58410
African green
monkey
11
SIV
man
X14307
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X14307
mangabey
а) Проведите филогенетическое исследование этих последовательностей
(MSA по ClustalW с выводом в Phylip), аналогичное проделанному
в п. А.
б) Используя подходящие приложения из пакета Phylip:
− Постройте матрицу расстояний с помощью dnadist (почему?);
− Постройте дерево;
− Визуализируйте построенное в п.b филогенетическое дерево.
C. Начало и эволюция H5N1
Самостоятельно постройте филогенетические деревья по алгоритму
UPGMA и Neighbor Joining для различных последовательностей ДНК
птичьего гриппа (см. приложение). Объясните различия в построенных
деревьях.
D. Метод максимальной бережливости Maximum Parsimony (MP)
В этом упражнении вы будете реконструировать филогенетическое дерево,
используя программу Dnapars из пакета Phylip. Как и в предыдущих
упражнениях, вы можете установить Phylip на компьютер и использовать
это ПО локально (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/install.html)
или воспользоваться онлайн сервисом, предоставляющим функционал
Phylip (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::dnapars).
Справочная информация по Dnapars –
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/dnapars.html.
Важно: Dnapars используется только для реконструкции
филогенетических деревьев по методу МР для последовательностей ДНК.
Для работы с последовательностями белков нужно использовать
программу Protpars (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-
bin/portal.py?#forms::protpars).
а) Установите Phylip на компьютер или откройте
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::dnapars (дальнейшие
шаги приведены для случая использования онлайн-сервиса).
б) Постройте выравнивание последовательностей из файла cytb.txt (см.
приложение) и сохраните его в формате, поддерживаемом Phylip.
в) Введите выровненные последовательности в окно ввода.
г) Оставьте параметры по умолчанию и нажмите RUN. Введите
действующий адрес электронной почты.

Страницы