Составители:
Рубрика:
38
д) Посмотрите на построенное дерево. Какие данные вывел сервис?
Проанализируйте и объясните их. Сохраните дерево и сопутствующие
результаты.
е) Постройте дерево последовательностей из cytb.txt (приложение),
используя Phylip и алгоритм NJ. Сохраните дерево. Сравните
филогенетические деревья.
ж) В поле Tree file выберите view with archaeopteryx. Сравните
построенные деревья. Похоже ли это дерево на полученное при
помощи ClustalW?
з) Bootstrap анализ.
− Откройте ClustalW (http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/ )
− Поместите в окно ввода последовательности из cytb.txt
(приложение)
− В поле Bootstrap отметьте «ON».
− Нажмите «Submit».
− Сохраните на диске файл выравнивания *.aln.
− Выберите в пакете Phylip раздел Phylogeny – tree analyser и
проанализируйте построенное выравнивание и bootstrap значения.
Приложения к лабораторной работе № 6:
Globin Sequences (Beta-Chain)
Для выполнения лабораторной работы используйте последовательности
глобинов из лабораторной работы № 4.
Последовательности HIV (к п. В):
>C.ZA_AY047297
>C.ZA_AY047296
>C.ZA_AY047295
>C.ZA_AY047299
>C.ZA_AY047298
>C.IN_Y17891
>C.IN_Y17892
>C.IN_Y17893
>C.IN_Y18199
HIV envelope proteins (к п. В):
>H1_ELI_D
>H1_LAI_B
>H1_MAL
>H1_NDK_D
>H2_D205_B
>H2_ROD_A
>H2_ST_A
>H2_UCI_B
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 38
- 39
- 40
- 41
- 42
- …
- следующая ›
- последняя »
