Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 38 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

36
и) Вы также можете построить филогенетические деревья, используя
программы fitch или kitsch из пакета Phylip (или онлайн версии
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::fitch и
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::kitsch). Для
визуализации используйте уже известные drawtree или drawdram.
Можно пройти более простым автоматизированным путем, поместив
последовательности в поле ввода на сервере http://mobyle.pasteur.fr/cgi-
bin/portal.py?#forms::protein_distance_phylogeny
B. Начало и эволюция ВИЧ
Данные:
Нуклеотидные последовательности ВИЧ в формате fasta (в конце лаб.
работы). Эти последовательности ВИЧ подтипа С из Южной Африки
(последовательности C.ZA) и последовательности из Индии (C.IN) или
Fasta-файлы, содержащие аминокислотные последовательности для
envelope, gag и pol белков изолятов, приведенных ниже (см.
последовательности в fasta в приложении и
http://artedi.ebc.uu.se/course/UGSBR/hiv/):
Таблица 3.
no
Isolate Accession no (GenBank, ENTREZ) Subtype/animal
1
HIV-1
ELI
K03454
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K03454
D
2
HIV-1
LAI
K02013
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K02013
B
3
HIV-1
NDK
M27323
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M27323
D
4
HIV-2
D205
X61240
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X61240
B
5
HIV-2
ROD
M15390
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M15390
A
6
HIV-2
ST
M31113
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M31113
A
7
HIV-2
UCI
L07625
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/L07625
B
8
SIV
mac
M19499
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M19499
macaque

Страницы