Составители:
Рубрика:
50
31. Экспериментальное определение структуры белка. Оценка качества
полученной структуры.
32. Hamming distance и Edit distance – отличия.
33. Метод GOR и Chou-Fasman. Их применение.
34. Дана следующая матрица скоринга ДНК:
A C G T
A 10 2 5 2
C 2 10 2 5
G 5 2 10 2
T 2 5 2 10
Какова максимально возможная оценка выравнивания AATAAT и AAGG,
при условии цены промежутка -5?
35. Допустим, нам даны 4 последовательности: S1=act, S2=agct, S3=aact,
and S4=acct. Парные выравнивания этих последовательностей
следующие:
a-ct a-ct a-ct
agct aact acct
По ним были построены 2 варианта MSA (в зависимости от
параметров\применения алгоритма). Какой из этих вариантов Вы
предпочтёте и почему?
a-ct a---ct
agct ag--ct
aact a-a-ct
acct a--cct
36. MSA последовательностей с параметрами по умолчанию
(gap penalty -10) выглядит так:
AGCT
ACCT
– ACT
AACT
В полученном выравнивании имеется 2 полных совпадения и один
промежуток. Очевидно, что есть лучшее выравнивание с тремя полными
совпадениями и одним промежутком. Объясните логику построения этого
