Составители:
Рубрика:
48
Постройте филогенетическое дерево видов, используя
последовательность ssu-16s (последовательность рибосомальной РНК 16s
субъединицы).
Сравните полученные деревья и объясните их сходство и различия.
Вопросы для самоконтроля
1. Парное выравнивание. Виды, авторы алгоритмов, цели, значение.
Глобальное выравнивание.
2. Вторичные структуры белков, их характеристики и предсказание. ПО
и сервисы.
3. Локальное выравнивание. Цели, значение. Алгоритм локального
выравнивания.
4. Биоинформатика. Объекты биоинформатики. Задачи, решаемые этой
наукой. Методы биоинформатики.
5. Матрицы сравнения последовательностей. PAM, BLOSUM.
6. По приведенной матрице расстояний постройте филогенетическое
дерево (Neighbor Joining method, UPGMA). Опишите процесс
построения.
1
2 3 4
1 0
0.3
0.5 0.6
2 0 0.6 0.5
3 0 0.9
4 0
7. Основные алгоритмы построения филогенетических деревьев – их
достоинства и недостатки. UPGMA и NJ (их отличия), максимальной
бережливости (maximal parsimony), максимального правдоподобия,
минимальной эволюции.
8. Группы аминокислот. Группировка аминокислот с эволюционной и
структурной точек зрения.
9. Открытая рамка считывания. Её нахождение и транскрибция. Поиск
открытых рамок считывания – методы.
Страницы
- « первая
- ‹ предыдущая
- …
- 48
- 49
- 50
- 51
- 52
- …
- следующая ›
- последняя »
