Биоинформатика. Порозов Ю.Б. - 51 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

Университет ИТМО | Санкт-Петербург

Составители: 

Рубрика: 

49
10. Биоинформатика и филогенез. Молекулярные часы. Клада, OTU, ветвь,
лист, корень. Ультраметрическое и неультраметрическое дерево.
Ортологи, паралоги, гомологи, ксенологи.
11. Определение филы, таксона, вида. Филогенетические деревья видов и
генов, их различия.
12. Какой тест может быть проведен на филогенетическом дереве,
построенном по NJ алгоритму, чтобы высказать предположение о его
корректности.
13. Редакционное расстояние между двумя последовательностями.
Сложность наивного алгоритма его определения.
14. Дано: последовательности WATER и WINE. Скоринг: match- 5,
mismatch- -5, вставка промежутка (gap insertion)- -1. Построить таблицу
выравнивания и найти по ней путь для него.
15. Локальное выравнивание, задачи, примеры.
16. Множественное выравнивание.
17. Третичная структура белка. Фолдинг.
18. Предсказание третичной структуры белка. Моделирование гомологов.
Методы, ПО и сервисы
19. Предсказание третичной структуры белка. Распознавание фолда. ПО,
сервисы.
20. Динамическое программирование и выравнивание
последовательностей. Способы оптимизации поиска – FASTA, BLAST
21. Классификации белков. Базы данных Pfam, SCOPE, CATH
22. NCBI, ENTREZ и BLAST – назначение, инструменты, задачи.
23. Штрафы за вставку промежутка, схемы, различия.
24. Профиль и консенсус. Сходство и различия.
25. Выравнивание и его статистическая достоверность. Bootstrap.
26. Докинг – цель и задачи. Трудности.
27. Жёсткий докинг. Методы, применение.
28. Гибкий докинг.
29. Экспериментальное определение структур белка. Рентгено-
структурный анализ.
30. Экспериментальное определение структур белка. Ядерно-магнитный
резонанс.

Страницы