Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 22 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

22
Edit Parameters
(Редактировать параметры )
Предназначен для интерактивного просмотра и
редактирования используемых параметров вычислений
Select Paprameter Set
(Выбор набора параметров )
Выбор этого пункта позволяет устанавливать
альтернативный набор параметров для молекулярной
механики
Compile Parameter File
(Компиляция файла
параметров )
Преобразование файла параметров из текстового вида или
файла базы данных в двоичный код , используемый
программой HyperChem
Reaction map
(Карта реакции )
Выбор этого пункта позволяет строить карту реакции, т.е.
путь от реагентов к продуктам реакции и синхронного
поиска переходного состояния . Этот пункт остается
неактивным до тех пор , пока не сделан выбор реагентов и
продуктов реакции
В работе мы рассмотрим только методы молекулярной механики,
полуэмпирические и неэмпирические методы .
4.1.1. Методы молекулярной механики
При выборе пункта Molecular Mechanics (Молекулярная механика)
используется классический Ньютоновский метод вычислений энергии одной
точки, равновесной геометрии и молекулярной динамики.
В методе молекулярной механики атомы рассматриваются как
ньютоновские частицы , взаимодействующие друг с другом посредством
потенциальных полей . В этом случае потенциальные энергии зависят от длины
связей , углов связей , торсионных углов и нековалентных взаимодействий (в
том числе сил Ван - дер-Ваальса, электростатических взаимодействий и
водородных связей ). Силы , действующие на атомы , представляются в виде
функций координат атомов .
Если в рабочей области выделена часть системы , то в расчет будут
включаться взаимодействия только выделенной части. При оптимизации
геометрии в этом случае будут менять свое положение в пространстве только
атомы выделенной части.
Для начала расчетов методом молекулярной механики в диалоговом
окне Force Field (Силовое поле) необходимо выбрать одно из четырех
значений (MM+, AMBER, BIO+ (CHARMM) или OPLS):
Рис.20. Окно методов молекулярной механики.
Рассмотрим их особенности: 
                                             22
Edit Parameters               П редназначен дл я      интерактивного просмотра и
(Редактировать параметры )    редактирования испол ьзуемы х параметров вы числ ений
Select Paprameter Set         В ы бор этого пункта позвол я ет устанавл ивать
(В ы бор наборапараметров)    ал ьтернативны й набор параметров дл я мол екул я рной
                              механики
Compile Parameter File        П реобразование ф айл апараметров из текстовоговидаил и
(К омпил я ция ф айл а        ф айл а базы данны х в двоичны й код, испол ьзуемы й
параметров)                   программой HyperChem
Reaction map                  В ы бор этогопунктапозвол я етстроить карту реакции, т.е.
(К артареакции)               путь от реагентов к продуктам реакции и синхронного
                              поиска переходного состоя ния . Э тот пункт остается
                              неактивны м дотех пор, покане сдел ан вы бор реагентов и
                              продуктов реакции

      В работе мы рассмотрим тол ько методы               мол екул я рной механики,
пол уэмпирические и неэмпирические методы .

                         4.1.1. М етоды молекулярной механи ки
       П ри вы боре пункта Molecular Mechanics (Мол екул я рная механика)
испол ьзуется кл ассический Н ью тоновский метод вы числ ений энергии одной
точки, равновесной геометрии и мол екул я рной динамики.
       В методе мол екул я рной механики атомы рассматриваю тся как
нью тоновские частицы , взаимодействую щ ие друг с другом посредством
потенциал ьны х пол ей. В этом сл учае потенциал ьны е энергии завися тотдл ины
свя зей, угл ов свя зей , торсионны х угл ов и нековал ентны х взаимодей ствий (в
том числ е сил В ан-дер-В аал ьса, эл ектростатических взаимодействий и
водородны х свя зей). С ил ы , действую щ ие на атомы , представл я ю тся в виде
ф ункций координататомов.
       Е сл и в рабочей обл асти вы дел ена часть системы , то в расчет будут
вкл ю чаться взаимодействия тол ько вы дел енной части. П ри оптимизации
геометрии в этом сл учае будут меня ть свое пол ож ение в пространстве тол ько
атомы вы дел енной части.
       Д л я начал а расчетов методом мол екул я рной механики в диал оговом
окне Force Field (С ил овое пол е) необходимо вы брать одно из четы рех
значений (MM+, AMBER, BIO+ (CHARMM) ил и OPLS):




                    Рис.20. О кнометодов мол екул я рной механики.

      Рассмотрим ихособенности:

Страницы