Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 24 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

24
Для Periodic Box условия остановки вычислений включаются автоматически.
Рассмотрим более подробно предлагаемые установки:
• None (Условий остановки нет). В этом случае вычисляются все
нековалентные взаимодействия . Например, применяется для структур в
вакууме.
• Switched. Вводится сглаживающая функция , плавно снижающая
нековалентные взаимодействия до нуля в пространстве между
внутренней (Inner) и внешней (Outer) сферами. Радиусы сфер задаются
в полях Inner Radius (Внутренний радиус) и Outer Radius (Внешний
радиус).
• Shifted. Вводится сглаживающая функция , которая действует на все
пространство от 0 до внешней сферы и плавно уменьшает
нековалентные взаимодействия до 0. Задается только радиус внешней
сферы Outer Radius.
Рис.22. Окно используемых компонент
4.1.1.2. Настройки AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS
Для настройки методов AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS
используются диалоговые окна, вызываемые кнопками Options (Опции) и
Components (Компоненты ). Окно компонент аналогично окну для MM+.
Рис.23. Окно настроек методов AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS 
                                            24
Д л я Periodic Box усл овия остановки вы числ ений вкл ю чаю тся автоматически.
Рассмотрим бол ее подробнопредл агаемы е установки:
      • None (У сл овий остановки нет). В этом сл учае вы числ я ю тся все
        нековал ентны е взаимодей ствия . Н апример, применя ется дл я структур в
        вакууме.
      • Switched. В водится сгл аж иваю щ ая ф ункция , пл авно сниж аю щ ая
        нековал ентны е взаимодействия до нул я в пространстве меж ду
        внутренней (Inner) и внеш ней (Outer) сф ерами. Радиусы сф ер задаю тся
        в пол я х Inner Radius (В нутренний радиус) и Outer Radius (В неш ний
        радиус).
      • Shifted. В водится сгл аж иваю щ ая ф ункция , которая действует на все
        пространство от 0 до внеш ней сф еры и пл авно уменьш ает
        нековал ентны е взаимодействия до0. Задается тол ькорадиус внеш ней
        сф еры Outer Radius.




                       Рис.22. О кноиспол ьзуемы х компонент

              4.1.1.2. Настройки AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS
      Д л я настройки методов AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS
испол ьзую тся диал оговы е окна, вы зы ваемы е кнопками Options (О пции) и
Components (Компоненты ). О кнокомпонентанал огичноокнудл я MM+.




        Рис.23. О кнонастроекметодов AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS

Страницы