Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 25 стр.

                                            25
       Рассмотрим окнонастроек метода MM+. О ноиспол ьзуется дл я вы бора
параметров сил овы х пол ей AMBER, BIO+(CHARMM) и OPLS. HyperChem
хранит значения этих параметров, искл ю чая параметры Cutoffs (У сл овия
отсечения ), в ф айл е chem.ini и испол ьзуетихдл я посл едую щ ихвы числ ений.
       В бл оке Dielectric (epsilon) задается диэл ектрическая постоя нная . О на
мож ет бы ть л ибо константой (Constant), л ибо зависимой от расстоя ния
(Distance dependent).
       П ервы й вариант применя ется дл я вещ ества, находя щ егося в газовой
ф азе, л ибов идеал ьном растворе, авторой - применя ется дл я создания эф ф екта
сол ьватации при непосредственном отсутствии                раствора в модел и
(рекомендуется испол ьзовать при расчетах методом OPLS).
       П ол е Scale factor (Масш табны й множ ител ь) позвол я ет записы вать
диэл ектрическую постоя нную в сл едую щ ей ф орме:
     • Д л я Constant: epsilon = (диэл ектрическая постоя нная свободного
         пространства) * Scale factor.
     • Д л я Distance dependent: epsilon = (диэл ектрическая постоя нная
         свободногопространства) * (меж атомное расстоя ние) * Scale factor.

     Масш табны й множ ител ь дол ж ен бы ть >=1. П о умол чанию он
принимается равны м 1, что подходит дл я бол ьш инства рассчиты ваемы х
систем.
     Бл ок 1–4 Scale Factors (Масш табны е множ ител и 1-4) предназначен дл я
задания множ ител ей дл я сл учая , когда нековал ентны е взаимодействия меж ду
атомами раздел ены в точности тремя свя зя ми:
    • Electrostatic (Э л ектростатика) модиф ицирует сил у взаимодействия
       заря дов меж ду атомами. Э тотпараметр дол ж ен принимать значения от
       0 до1. Д л я сил овогопол я AMBER и OPLS необходимоиспол ьзовать
       0.5, дл я BIO+(CHARMM) рекомендуется 1.0, 0.5 ил и 0.4 в зависимости
       отнаборадругих параметров.
    • van der Waals (В ан-дер-В аал ьс) модиф ицирует ван-дер-ваал ьсовы
       взаимодействия меж ду атомами. П араметр дол ж ен принимать значения
       от0 до1. Д л я сил овогопол я AMBER необходимоиспол ьзовать 0.5, дл я
       OPLS – 0.125, дл я BIO+(CHARMM) - 1.0.

      В бл оке Cutoffs (У сл овия отсечения ) задаю тся ограничения вы пол нения
расчетов дл я нековал ентны х взаимодействий в зависимости от расстоя ний.
П одробное описание – в преды дущ ей гл аве.

                         4.1.2. П олуэмпи ри ч ески е методы
      П ол уэмпирические методы реш аю туравнени е Ш реди нгера дл я атомов
и мол екул с испол ьзованием определ енны х прибл иж ений и упрощ ений. В се
методы этой группы характеризую тся тем, что:
    • расчетведется тол ькодл я вал ентны хэл ектронов;
    • пренебрегаю тся интеграл ы определ енны х взаимодей ствий;