Математическое моделирование структуры соединений с помощью пакета программ Hyperchem 7.5. Резников А.А - 23 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

23
• Метод MM+ является наиболее универсальным, хотя разрабатывался
для органических молекул . Он учитывает потенциальные поля,
формируемыми всеми атомами структуры и позволяет гибко
модифицировать параметры расчета в зависимости от конкретной
задачи. С другой стороны , метод MM+ резко увеличивает необходимые
ресурсы по сравнению с другими методами молекулярной механики.
• Метод AMBER разрабатывался для белков и нуклеиновых кислот. В
нем существует возможность выбрать опцию либо учета всех атомов по
отдельности, либо опцию объединенного атома, под которым
подразумевается группа эквивалентных атомов с одинаковыми
свойствами. В последнем случае несколько атомов либо их групп
обрабатываются как один атом с одним типом .
• BIO+(CHARMM) разрабатывался для биологических макромолекул и
во многом повторяет AMBER.
• OPLS разработан для белков и нуклеиновых кислот. Он подобен
AMBER, но более точно вычисляет нековалентные взаимодействия .
4.1.1.1. Настройки метода MM+
Для настройки метода MM+ используются диалоговые окна,
вызываемые кнопками Options (Опции) и Components (Компоненты ) и
показанные на Рис.21. и Рис.22.:
Рис.21. Окно настроек метода MM+
Сначала рассмотрим окно настроек метода MM+. В блоке Electrostatic
(Электростатика) задается то, как будут рассчитываться нековалентные
электростатические взаимодействия : применяя либо взаимодействия
дипольного типа (Bond Dipoles), либо частичные атомные заряды (Atomic
Charges). Во втором случае требуется задать заряды , используя Build/Set
Charge или предварительно проведя полуэмпирические или неэмпирические
расчеты , в которых они вычисляются методом Мулликена.
В блоке Cutoffs (Условия отсечения ) задаются ограничения выполнения
расчетов для нековалентных взаимодействий в зависимости от расстояний . 
                                         23
    •   Метод MM+ я вл я ется наибол ее универсал ьны м, хотя разрабаты вал ся
        дл я органических мол екул . О н учиты вает потенциал ьны е пол я ,
        ф ормируемы ми всеми атомами структуры и позвол я ет гибко
        модиф ицировать параметры расчета в зависимости от конкретной
        задачи. С другой стороны , метод MM+ резкоувел ичиваетнеобходимы е
        ресурсы посравнению сдругими методами мол екул я рной механики.
    •   Метод AMBER разрабаты вал ся дл я бел ков и нукл еиновы х кисл от. В
        нем сущ ествуетвозмож ность вы брать опцию л ибоучетавсех атомов по
        отдел ьности, л ибо опцию объединенного атома, под которы м
        подразумевается группа эквивал ентны х атомов с одинаковы ми
        свойствами. В посл еднем сл учае нескол ько атомов л ибо их групп
        обрабаты ваю тся какодин атом содним типом.
    •   BIO+(CHARMM) разрабаты вал ся дл я биол огических макромол екул и
        вомногом повторя етAMBER.
    •   OPLS разработан дл я бел ков и нукл еиновы х кисл от. О н подобен
        AMBER, нобол ее точновы числ я етнековал ентны е взаимодействия .

                         4.1.1.1. Настройки метода MM+
       Д л я настройки метода MM+ испол ьзую тся диал оговы е окна,
вы зы ваемы е кнопками Options (О пции) и Components (Компоненты ) и
показанны е наРис.21. и Рис.22.:




                        Рис.21. О кнонастроекметодаMM+
       С начал а рассмотрим окнонастроек метода MM+. В бл оке Electrostatic
(Э л ектростатика) задается то, как будут рассчиты ваться нековал ентны е
эл ектростатические взаимодействия : применя я л ибо             взаимодействия
дипол ьного типа (Bond Dipoles), л ибо частичны е атомны е заря ды (Atomic
Charges). В о втором сл учае требуется задать заря ды , испол ьзуя Build/Set
Charge ил и предварител ьнопроведя пол уэмпирические ил и неэмпирические
расчеты , в которы хони вы числ я ю тся методом Мул л икена.
       В бл оке Cutoffs (У сл овия отсечения ) задаю тся ограничения вы пол нения
расчетов дл я нековал ентны х взаимодействий в зависимости от расстоя ний.

Страницы