Картирование генома и обратная генетика. Буторина А.К - 37 стр.

                                  37
     Средняя скорость секвенирования к концу 1998 г. составляла 90 Мб.
Сейчас анализу чаще подвергают продукты ПЦР, а не клонированные
фрагменты ДНК. Специально сконструированные геномотроны (секвена-
торы-роботы) производят до 105 полимеразных цепных реакций в час и се-
квенируют несколько миллионов нуклеотидов в неделю.
     Автоматизация процесса секвенирования существенно ускорила этот
процесс и позволила осуществить секвенирование клеточных геномов, для
которых предварительно составляют физические карты. После разработки
новейших технологий прочтение генетического текста стало рутинной
процедурой.

       1.6. Базы данных нуклеотидных последовательностей.
  Компьютерная генетика (биоинформатика). Исследования in silico

      Базы данных нуклеотидных последовательностей. Существенную
роль в развитии геномных подходов сыграли базы (или банки) данных
нуклеотидных последовательностей. Довольно быстро стало понятно, что
невозможно сопоставлять последовательности, сравнивая вручную длин-
ные ряды букв, приводимых на рисунках к статьям. Уже в 1979 г. было на-
чато обсуждение того, как хранить последовательности ДНК и РНК и как
обеспечивать доступ к ним. Первые базы данных нуклеотидных последо-
вательностей GenBank (США) и EMBL (Европа) появились в 1982 г., и уже
в следующем году одним из первых важных результатов, полученных при
помощи анализа последовательностей, было обнаружение сходства вирус-
ного онкогена v-sis и нормального гена фактора роста тромбоцитов, что
привело к значительному прогрессу в понимании механизма рака. С тех
пор сравнение новой последовательности с последовательностями из банка
данных стало рутинным элементом работы с любым геном, а помещение
каждой новой последовательности в банк - необходимым условием жур-
нальной публикации. В 1996 г. были сформулированы "Бермудские прин-
ципы" (названы по месту проведения конференции), согласно которым да-
же небольшие фрагменты геномов, полученные в рамках проекта "Геном
человека" и аналогичных программ, сразу же помещались в банки данных
и могли быть использованы всеми желающими. То есть важной особенно-
стью сбора и хранения информации о секвенированных нуклеотидных по-
следовательностях в базах данных является ее доступность для исследова-
телей.
      Все операции по сравнению нуклеотидных последовательностей
различных геномов выполняются с помощью компьютера (это компьютер-
ная процедура). Работа осуществляется в следующем порядке: секвениро-
вание → база данных → выявление генов (открытые рамки считывания) →
определение их функции.
      Крупнейшей базой данных по структуре генома человека в настоя-
щее время является GDB (Genome Data Base), созданная и поддерживаемая
в университете Дж. Гопкинса (Балтимор, США). Кроме известных после-