Идентификация и исследование экспрессии генов. Епринцев А.Т - 39 стр.

UptoLike

ВУЗ: 

ВГУ | Воронеж

Составители: 

Рубрика: 

39
Если достаточно определить лишь относительную концентрацию
субстрата, для построения калибровочного графика удобно использовать
серию разведений одного из экспериментальных образцов. В тех случаях,
когда образцы могут сильно отличаться по примесям и доле амплифици-
руемого фрагмента в реакционной смеси, имеет смысл при наладке экспе-
римента приготовить серию разведений каждого из них и сравнить
эффек-
тивности.
Прямое сравнение данных
Из уравнения
C(T) = – (1/log E) * log P
0
+ log P
C(T)
/log E (1)
следует, что при равной эффективности реакции
E в образцах 1 и 2, отно-
сительная концентрация субстрата
R = P1/P2 = E
– (C(T)
1
–C(T)
2
)
= E
- С(T)
(2)
Проведем нормализацию этих результатов по данным амплификации
с контрольной последовательностью REF (соответствующей, например,
housekeeping gene (конститутивный, референсный ген)). Пусть реакция
REF в обоих образцах протекает с эффективностью
E
ref
. Тогда
R = E
– С(T)
/ E
ref
– С(T)
ref . (3)
Если эффективности «контрольной» и «опытной» реакций
сходны, приближенно можно записать:
R = E
– С(T)
/ E
– С(T)
ref = E
С(T)
ref
– С(T
.
)
(4)
И, наконец, если обе реакции протекают со сходной эффектив-
ностью, близкой к 2, формула упрощается до вида:
R= E
С(T)
ref
- С(T)
~ 2
С(T)
ref
- С(T)
= 2
- С(T
.
)
(5) 
     Если достаточно определить лишь относительную концентрацию
субстрата, для построения калибровочного графика удобно использовать
серию разведений одного из экспериментальных образцов. В тех случаях,
когда образцы могут сильно отличаться по примесям и доле амплифици-
руемого фрагмента в реакционной смеси, имеет смысл при наладке экспе-
римента приготовить серию разведений каждого из них и сравнить эффек-
тивности.

                                 Прямое сравнение данных
     Из уравнения
            C(T) = – (1/log E) * log P0 + log PC(T)/log E                            (1)

следует, что при равной эффективности реакции E в образцах 1 и 2, отно-
сительная концентрация субстрата

            R = P1/P2 = E – (C(T)1–C(T)2) = E -               С(T)
                                                                                     (2)

     Проведем нормализацию этих результатов по данным амплификации
с контрольной последовательностью REF (соответствующей, например,
housekeeping gene (конститутивный, референсный ген)). Пусть реакция
REF в обоих образцах протекает с эффективностью Eref. Тогда

            R=E–     С(T)
                            / Eref –     С(T)
                                            ref .                                    (3)

            Если эффективности «контрольной» и «опытной» реакций
сходны, приближенно можно записать:

            R=E–     С(T)
                            /E–    С(T)
                                          ref = E      С(T)
                                                            ref–     С(T )
                                                                        .            (4)

            И, наконец, если обе реакции протекают со сходной эффектив-
ностью, близкой к 2, формула упрощается до вида:

                   С(T)
            R= E       ref -      С(T)
                                         ~2     С(T)
                                                    ref -     С(T)
                                                                     = 2-    С(T )
                                                                                .    (5)

                                                 39

Страницы