Практикум по математическому моделированию в теории эволюции. Часть 1. Факторы микроэволюции. Кипятков В.Е. - 58 стр.

UptoLike

Составители: 

Рубрика: 

57
Deme Size – Âåëè÷èíà äåìà; ïî óìîë÷àíèþ 12 îñîáåé; ìîæåò âàðüèðî-
âàòü îò 1 äî 500.
Migration Rate – ×àñòîòà ìèãðàöèé, ò.å. äîëÿ îñîáåé, çàìåùàåìûõ
ìèãðàíòàìè â êàæäîì äåìå â êàæäîì ïîêîëåíèè; ìîæåò âàðüèðîâàòü
îò 0 äî 1; ïî óìîë÷àíèþ ñîñòàâëÿåò 0.01.
Set initial frequencies at all six loci Collectively or IndependentlyÓñòàíî-
âèòü èñõîäíûå ÷àñòîòû âî âñåõ øåñòè ëîêóñàõ îäíîâðåìåííî
èëè íåçàâèñèìîâû ìîæåòå óñòàíîâèòü îäíó è òó æå èñõîäíóþ
÷àñòîòó àëëåëè A âî âñåõ 6 äåìàõ (Collectively), èëè æå èñïîëüçî-
âàòü äëÿ êàæäîãî èç íèõ ðàçíûå ÷àñòîòû (Independently). Âûáðàâ
îäèí èç äâóõ âàðèàíòîâ, ââåäèòå:
Initial Frequency of “A” Genes in Deme 1, Deme 2 ... Deme 6 – Èñõîä-
íàÿ ÷àñòîòà ãåíàÀâ äåìå 1, äåìå 2 ... äåìå 6 – ìîæåò âàðüèðî-
âàòü îò 0 äî 1 (ïî óìîë÷àíèþ 0.5).
How many generations do you want calculated between each view?Ñêîëüêî
ïîêîëåíèé äîëæíî ïðîõîäèòü ìåæäó ïîñëåäîâàòåëüíûìè êàðòèíêà-
ìè? Ââåäèòå âåëè÷èíó èíòåðâàëà (â ïîêîëåíèÿõ), êîòîðûé ïðîãðàì-
ìà áóäåò ïðîñ÷èòûâàòü ìåæäó î÷åðåäíûìè êàðòèíêàìè. Ïî óìîë÷à-
íèþ – 5; ìèíèìàëüíàÿ âåëè÷èíà – 1, ìàêñèìàëüíàÿ – 100 ïîêîëå-
íèé.
Permit selfing? Yes No Ðàçðåøåíî ëè ñàìîîïëîäîòâîðåíèå? Äà
Íåò Íåîáõîäèìî âûáðàòü îäèí èç âàðèàíòîâ. Â ïåðâîì èç íèõ
ïðè îáðàçîâàíèè çèãîò áóäóò èñïîëüçîâàíû âñå ãàìåòû, à âî âòîðîì
òîëüêî ãàìåòû, ïðîäóöèðîâàííûå ðàçíûìè îñîáÿìè. Ïî óìîë÷à-
íèþ ñàìîîïëîäîòâîðåíèå íå ðàçðåøåíî.
Ïîÿñíåíèÿ ê îêíó âûâîäà ðåçóëüòàòîâ ìîäåëèðîâàíèÿ
Ðåçóëüòàòû ðàáîòû ïðîãðàììû ïðåäñòàþò â âèäå äâóõ äèàãðàìì,
êîòîðûå ìîæíî âûçûâàòü ïîî÷åðåäíî, íàæèìàÿ êëàâèøó <Space Bar>.
Ïåðâàÿ èç íèõ ïîêàçûâàåò ãðàôèêè èçìåíåíèÿ âî âðåìåíè ÷àñòîòû àëëåëè
A â êàæäîì èç 6 äåìîâ è ñõîäíà ñ äèàãðàììîé, èñïîëüçîâàííîé â ìîäåëè
ãåíåòè÷åñêîãî äðåéôà ïî ìåòîäó Ìîíòå Êàðëî (ñì. ñ. 43). Îäíàêî â äàííîé
ìîäåëè ãðàôèêè íå çàêàí÷èâàþòñÿ, êîãäà âñëåäñòâèå äðåéôà ïðîèñõîäèò
ôèêñàöèÿ ëèáî àëëåëè a, ëèáî A, ïîñêîëüêó â äàëüíåéøåì â ðåçóëüòàòå
ìèãðàöèé îñîáåé èç äðóãèõ äåìîâ èñ÷åçíóâøèå àëëåëè ìîãóò âíîâü
ïîÿâèòüñÿ, è ÷àñòîòà p â äàííîì äåìå âíîâü ñòàíåò îòëè÷íîé îò 0 èëè îò
1.
Ïîñëå êàæäîãî íàæàòèÿ <Enter> âû áóäåòå âèäåòü ðåçóëüòàòû ìîäåëè-
ðîâàíèÿ ïðîöåññà ÷åðåç 5, 10, 20, è ò.ä. ïîêîëåíèé (â çàâèñèìîñòè îò
èíòåðâàëà, êîòîðûé âû óñòàíîâèëè ñàìèñì. âûøå). Åñëè ôèêñàöèÿ èëè
óòðàòà àëëåëè A â êàêîé-òî ìîìåíò ïðîèñõîäèò âî âñåõ øåñòè äåìàõ,
ïðîãðàììà çàâåðøàåò ðàáîòó è âûäàåò ñîîáùåíèå: “All six demes have