Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах. Кобзев Г.И. - 61 стр.

  Нажав последовательно dA, dA, dG, dT мы получим двойную спираль
ДНК, выставив предворительно галочку, в опции Double Stranded.

     3.2.2 Работа с выделенными атомами (молекулами)

   Удалить или копировать сразу несколько атомов или всю молекулу после
их выделения кнопкой (select) можно выполнив нескольких команд.
   1 Указать галочкой - атом, остатки (residues), молекула в меню Select.
    2 После того, как Вы настроили параметры выделения (например, атом),
нужно навести курсор на выделяемый объект в рабочем поле и сделать L-
щелчок кнопкой мыши.
   3 Таким же образом можно выделить связь между двумя атомами. В этом
случае в параметрах выделения должен быть обязательно отмечен галочкой
Atoms.
   Выделенные фрагменты можно удалить или запомнить в буфер с
последующим извлечением из него (соответствующие кнопки на меню или
разделы в меню Edit).
   Выделенные фрагменты можно также отдельно перемещать или вращать
на рабочем поле, выбрав соответствующие инструменты и “схватив” их
правой кнопкой мыши (только для этого необходимо в меню
Fail/Preferences/Tool отменить whole molecular translation).
   Для отмены выделения поместите курсор в пустой области экрана и
щелкните левой кнопкой мыши. Чтобы отменить выделение отдельного
атома, фрагмента или связи курсор  наводят на выделенный объект и
однократно щелкают правой клавишей мыши.

     3.2.3 Изображение водородных связей

   Чтобы подтвердить благоприятные условия для образования водородных
связей, HyperChem вычисляет их и выводит на дисплей.
   Водородные связи формируются, если расстояние до водородного донора
- менее чем 3.2 Å и угол ковалентной связи донора и акцептора - менее чем
120 градусов.
   Чтобы подтвердить условия создания водородной связи необходимо:
   1 В меню Display отметьте галочкой пункт Show Hydrogen Bonds
(Показать водородные связи)
   2 Там же выбрать Recompute H Bonds (Вычислить заново водородные
связи)
   HyperChem отображает водородные связи пунктирной линией.
   Водородные связи не вычисляются автоматически в каждой
конфигурации, поэтому, когда Вы изменяете геометрию молекулы,
водородные связи приходится изображать и вычислять заново.

     3.2.4 Расчет характеристик молекулы в гидратной оболочке


                                                                       61