Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах. Кобзев Г.И. - 45 стр.

Ньютоновские частицы, которые взаимодействуют друг с другом
посредством неких потенциальных полей, задаваемых эмпирически.
Потенциальная энергия взаимодействия зависит от длины связей, углов
связи, торсионных углов и нековалентных взаимодействий (сил Ван-дер-
Ваальса, электростатических взаимодействий и водородных связей). В этих
расчетах силы, действующие на атомы, представляются в виде функций
координат атомов.
   Примечание: Если в рабочей области выделена только часть системы, в
этом случае, в расчет будут включаться взаимодействия только выделенной
части. При оптимизации геометрии и расчетах методом молекулярной
динамики, только атомы выделенной части будут менять свое положение в
пространстве, тогда как невыделенные – нет, при этом в расчетах будут
учитываться потенциальные взаимодействия между частями системы.
   Для начала расчетов методом молекулярной механики в диалоговом окне
необходимо выбрать Force fild (Силовое поле) - потенциальную функцию для
расчетов. Можно выбрать один из четырех методов (MM+, AMBER, BIO+,
OPLS), ссылки на которые можно увидеть в диалоговом окне.
   Метод MM+ разрабатывался для органических молекул. Он учитывает
потенциальные поля, формируемые всеми атомами рассчитываемой системы,
и позволяет гибко модифицировать параметры расчета в зависимости от
конкретной задачи, что делает его, с одной стороны, наиболее общим, а с
другой – резко увеличивает необходимые ресурсы по сравнению с другими
методами молекулярной механики. Ряд возможностей для изменения
параметров этого метода можно получить, выбрав кнопку Options в пункте
выбора Силового поля (Force field).
   Метод AMBER разрабатывался для белков и нуклеиновых кислот. В нем
существует возможность выбрать опцию либо учета всех атомов по
отдельности, либо опцию объединенного атома, под которым
подразумевается группа эквивалентных атомов с одинаковыми свойствами. В
последнем случае несколько атомов, либо их групп, обрабатываются как
один атом с одним типом.
   BIO+ разрабатывался для биологических макромолекул и во многом
повторяет AMBER.
   OPLS разработан для белков и нуклеиновых кислот. Он подобен AMBER,
но более точно обрабатывает нековалентные взаимодействия.




                                                                      45